Близкое будущее, 2032 год. Техника достигла невиданного прогресса. Это мир, который люди разделяют с киборгами и роботами. Бато — детектив отдела полиции по борьбе с терроризмом. Он — живой киборг, оснащенный искусственными руками, ногами и прочими частями тела. Остался лишь его прежний мозг да память о ней, о Мотоко Кусанаги.
Альтернативная реальность. Токио, 50-ые годы XX века. Город утопает в волнах насилия и жестокости. Подпольная организация «Секта», устраивает массовые беспорядки и терракты. Отвечая на вызов террористов, власти создают особое подразделение — «Волчий отряд», состоящий из специально подготовленных, закованных в броню, неуязвимых, безжалостных убийц.
Веря, что конец света наступит в тот самый день, трое пациентов психушки, Коко, Цумуджи и Сатору, отправляются в путешествие. Следуя на вершины стен города, они стремятся найти наиболее подходящее место для пикника, чтобы лучше рассмотреть последние мгновения мира.
Вот уже два года прошло с тех пор, как жених Хироко трагически погиб в горах, но она всё не может забыть Ицуки. Находясь в гостях у его матери, из школьного альбома Хироко узнает адрес, по которому Ицуки проживал в родном городе, и решает отправить туда письмо, хотя знает, что дом тот давно снесли и теперь на его месте пролегает шоссе. К своему изумлению Хироко получает ответ c подписью Ицуки.
Приехавший по делам фирмы в Японию нью-йоркский бизнесмен Поль Расин проводит романтическую ночь с очаровательной незнакомкой. Став случайным свидетелем ее убийства, он попадает в водоворот кровавых и загадочных событий, связанных с давней враждой между двумя древними и могущественными кланами ниндзя. И, став объектом преследования, Поль принимает бой…
