대학생 타이치와 다른 '선택받은 아이들'은 모두 각자의 자리에서 저마다의 삶을 살아가고 있다. 그러던 어느 날, 전 세계의 '선택받은 아이들'에게 의문의 사건이 일어나기 시작한다. 에오스몬이라 불리는 디지몬에 그 원인이 있음을 알게 된 타이치 일동은 에오스몬을 제압하려 하지만 이내 아구몬을 비롯한 디지몬들의 진화에 문제가 발생하는데… 세상의 이변에서 다시 한 번 친구들을 구할 수 있을까?
유우키 마코토는 어렸을 때 사고로 부모님을 잃고 친척의 손에 맡겨져서 다른 곳으로 이사를 갔다가 10년만에 원래 살던 곳으로 전학온다. 마코토가 전학 간 월광관 고등학교는 일반 사립인 듯 했으나 사실 페르소나 능력자들이 집합되어 있는 곳이었다. 마코토는 기숙사에서 쉐도우라는 괴물에 습격 받으면서 페르소나 능력의 존재를 각성을 한다. 마코토는 자신과 같은 페르소나 능력자들을 통해 자신이 살고 있는 세계의 이면에 있는 쉐도우라는 존재를 알게 된다. 그리고 동료들과 함께 쉐도우의 피해자들을 구하기 위해 노력하는데......
월광관 고교의 전학생 유키 마코토. 마코토는 쉐도우라는 괴물의 습격을 받게 된다. 마코토는 이를 통해 페르소나를 각성하고, 특별과외활동부라는 페르소나를 구사하는 자들로 이뤄진 부에 소속된다. 마코토는 처음에는 그저 흐르는 시간에 맡긴채 행동했지만, 쉐도우와의 싸움이 계속되며 부원들과 끈끈한 마음을 갖게 된다. 특별과외활동부는 새로운 멤버를 맞이 하고... 쉐도우와의 싸움은 계속 이어진다.
모든 사람들은 하루는 24시간이라고 생각한다. 그러나 현실은 다르다.
세상에는 1일과 1일 사이에 숨겨진 시간 '쉐도 타임'이라는 것이 존재한다.
거리는 모든 움직임을 멈추고 거리의 사람들은 관으로 모습을 바꾼다. 그리고 그런 거리에는 알 수 없는 괴물 통칭 '쉐도우'라고 불리는 것들이 돌아다닌다.
이런 괴물에 대항 가능한 자는 오직 '페르소나'라는 특수한 힘을 가진 자들 뿐이다. 사립 월광관 학원에 전학온 유키 마코토는 자신의 페르소나를 각성하여 같은 페르소나 소유자들과 함께 특별과외활동부에 소속된다.
이들은 각자의 목적을 위해 쉐도 타임의 진상을 쫒고 있는데, 과연 이 곳에서 마코토가 만나게 되는 운명은.....
나루카미 유는 1년간 부모님이 해외로 출장을 떠나 외삼촌의 집에서 살게 되었다. 외삼촌이 사는 지역의 학교인 야소가미 고등학교에서는 괴소문이 퍼지고 있었다. 그 내용은 비가 오는 밤 자정에 전원 꺼진 TV에 비치는 자신의 얼굴을 쳐다보면 다른 사람의 얼굴이 보인다는 것. 나루카미가 야소가미 고교로 전학간 첫날, 실제로 TV에 비춰졌던 아나운서가 살인당하는 사건이 벌어지면서 나루카미 일행은 이 소문의 진실을 파헤쳐보기로 한다.
In 2012, between the events of Digimon Adventure tri. and Digimon Adventure: Last Evolution Kizuna, the early adulthood DigiDestined—Daisuke, Miyako, Iori, Takeru Takashi, Hikari, and Ken—must reconcile their new responsibilities with their Digimon partners. But Rui Owada, a mysterious young man, appears claiming to be the first human to partner with a Digimon–Ukkomon. Could Rui really have been the first ever DigiDestined?
