Sculptor
지구에 잠입한 외계인을 감시하는 MIB요원 제이. 요원 케이가 MIB를 떠난 후, 많은 파트너들과 호흡을 맞추지만 베테랑 케이의 빈자리가 크기만 하다. 또 다른 수다쟁이 요원 프랭크는 파트너라기보다 오히려 제이를 거추장스럽게 하며 말썽만 피울 뿐인데… 그러던 중 25년전, MIB에게 당한 복수를 위해 마이크로 우주선이 지구에 침입한다. 콜라캔 크기의 우주선에서 내린 외계 생명체는 여성지 모델로 자신을 복제하고 MIB에 침입한다. 그녀의 이름은 셀리나… MIB요원 중 일부가 셀리나와 손을 잡게 된 사실을 알게 되는 제이. 그러나 때는 이미 늦어 지구는 은하계의 전쟁에 휘말린 위험에 처하게 된다. 위기에 놓인 지구, 요원 제이는 요원 케이의 도움을 필요로 하게 되고 제이는 케이의 기억을 복구시키려 갖은 애를 쓰는데…
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페레즈 장군이 지휘하는 연방군 의학탐사선 아우리가호는 에일리언과의 격전지였던 행성 피오리 16호에서 찾아낸 리플리의 혈액으로부터 DNA 샘플을 채취, 미수정란을 이용한 유전공학으로 리플리를 부활시키고, 이와 함께 복제된 퀸 에일리언의 태아를 리플리의 몸에서 분리해내는 데도 성공을 거둔다. 이들의 목적은 에일리언을 길들여 군견과 같은 용도로 사용하려는 것. 한편 리플리 또한 에일리언과의 유전자 결합으로 본능이 극대화된 뜻하지 않은 결과로 과학자들을 고무시키고, 페레즈 장군은 단지 에일리언을 재생하기 위한 부산물에 불과한 리플리를 두고 갈등한다.