Jeffrey P. Buccacio Jr.

5年前、相棒のKとともに地球の危機を救ったJは、いまやMIBのエリート捜査官。日常業務を淡々とこなす平穏な毎日を送っていた。しかし、そんな彼の前に新たな敵が出現した。地球上では下着のモデルとして活躍している超セクシー宇宙人のサーリーナに、なんとMIB本部が占拠されてしまう。一人助かったJが頼れるのは、現在は引退している元相棒のKだけ。ところが、郵便局員となったKは完全に平和ボケ状態。しかもエージェント時代の記憶をきれいに消されていた。果たして、Kは記憶を取り戻し、敏腕エージェントとしてJとともに地球を救うことができるのか？

前作の舞台、フューリー宇宙刑務所においてリプリーは、エイリアン・クイーンを体内に宿したまま溶鉱炉に身を投じ、永きに渡るエイリアンとの戦いに幕を下ろした。しかしそれから200年後、リプリーは軍の実験宇宙船「オーリガ」で、フューリーに残されていた血液から科学者らの手によりクローンとして再生される。その目的は、リプリーの体内に残されたエイリアン・クイーンの摘出であり、エイリアンを繁殖させて軍事兵器として利用することであった。