유대인 에릭과 유전공학 박사가 된 찰스는 각기 다른 이유로 악당 세바스찬 쇼우를 쫓다가 만난다. CIA 요원 모이라 맥타것과 손잡고 돌연변이 부서를 설립한 두 사람은 찰스의 양동생이자 이후에 미스틱이 되는 레이븐k 천재 박사이자 비스트로 변신하는 행크 맥코이 등 젊은 엑스맨들을 모아서 훈련을 시작한다. 한편 에릭의 원수인 세바스찬 쇼우는 엠마 프로스트를 비롯한 돌연변이들을 무기로 미국과 소비에트간의 핵전쟁을 도발하려 한다.
냉전이 최고조에 다다른 1957년. 인디아나 존스는 친한 동료 맥과 함께 소련의 한 비행장에서 목숨을 위협하는 소련 특수부대 이리나 스팔코 일당의 추격을 피해 힘겹게 탈출한다. 일상으로 돌아간 인디아나 존스는 대학에서 고고학 강의를 하며 평범하게 지내고 싶어하지만 소련에서의 탈출 사건과 고고학 연구에 관련해 자신의 교수직을 해고하려는 정부의 또 다른 압력이 있다는 것을 알게 된다. 어쩔 수 없이 모든 것을 정리하고 대학을 떠나려던 찰나, 그의 앞에 반항기 가득한 청년 머트 윌리암스가 나타나는데...
