Фильм нам расскажет о профессоре Ксавье и Магнито, о процессе основания школы Ксавье для детей-мутантов и, наконец, о том, что же произошло между двумя закадычными друзьями и почему они расстались.
1957 год, разгар холодной войны. Советские солдаты, возглавляемые агентом Ириной Спалько, похищают Мэрион Рэйвенвуд - давнюю возлюбленную Индианы Джонса, ставя профессора перед выбором: бездействие и смерть Мэрион или помощь советской разведке в поисках легендарного Хрустального черепа в обмен на свободу женщины.