Yuki Sonoda

제2차 네오디온 전쟁(샤아의 반란) 이후 12년. U.C.0105 —— . 지구연방정부의 부패는 지구오염을 가속화시켜 강제로 민간인을 우주로 끌고 가는 비인도적 정책인 「사람 사냥」도 행해지고 있다. 그런 연방정부 고관을 암살하겠다는 가혹한 행위로 저항을 시작한 것이, 반지구연방정부운동 「마프티」. 리더의 이름은 마프티 나비유 에린. 그 정체는 일년전쟁을 싸운 연방군 대좌 브라이트 노아의 아들 「하사웨이」였다. 아무로 레이와 샤아 아즈나블의 이념과 이상, 의지를 담은 전사로서 길을 개척하려는 하사웨이지만 연방군 대좌 케네스 슬렉과 수수께끼의 미소녀 기기 안달루시아와의 만남이 그 운명을 크게 바꿔간다.

포켓몬의 손에서 자라 자신이 포켓몬이라 믿는 소년 코코가 지우, 피카츄와 친구가 되면서 새로운 모험을 시작한다는 이야기.

포켓몬 트레이너의 자격을 얻을 수 있는 10살이 되는 아침을 맞이한 지우는 오박사 연구소에서 파트너 포켓몬을 받을 예정이었지만, 늦잠을 자게 되고 마지막으로 남아 있는 낯을 가리고 사람을 잘 안 따르는 포켓몬 피카츄와 파트너가 된다. 첫만남부터 티격태격하며 우정을 쌓아가던 중 우연히 전설의 포켓몬을 목격하게 된 지우와 피카츄는 다시 한번 전설의 포켓몬을 찾아 떠나기로 약속하는데...

대도시 뉴톡시티에서 '포켓몬힐스'를 구경하던 지우와 친구들 앞에 갑자기 나타난 '3억 년 전 화석에서 부활한 포켓몬 게노세크트' 게노세크트를 만난 지우와 친구들은 그들을 도와주려 하지만 리더 '붉은 게노세크트'의 갑작스런 공격으로 위험에 빠진다..! 그 순간 나타나 지우와 친구들을 위기에서 구한 '전설의 포켓몬 뮤츠'. '게노세크트'와 같이 인간에 의해 태어난 뮤츠는 어떻게든 힘이 되어주려 하지만 그 마음은 전해지지 못한 채 결국 두 포켓몬은 서로 격돌하게 되는데!! 가공할만한 위력의 각성한 뮤츠, 사상 최고의 스피드를 자랑하는 게노세크트. 운명적으로 맞붙게 된 이 둘의 대결의 결과는 과연?!