하나구미의 대장인 오오가미 중위가 파리로 유랑을 떠나고, 크리스마스 공연으로 분주한 대제국 극장에 한명의 소녀가 나타난다. 소녀의 이름은 라쳇 알타이르. 하나구미에 새로이 배속된 라쳇은 호시구미의 전 대장으로 언제나 합리성과 개인주의를 따르기 때문에 하나구미의 멤버들과 충돌을 겪는다. 그리고 제도에 나타는 의문의 강마와 싸우는 하나구미 앞에 압도적인 강함으로 강마를 처리하는 정체불명의 인형연기, 야프키엘이었다.
초대 나데시코의 함장이었던 미스마르 유리카와 텐카와 아키토가 신혼여행 중의 사고로 사망한지 2년... 서기 2201년. 우주각지를 ‘보손 점프’로 연결시키는 꿈의 네트워크 히사고 플랜의 건설이 진행되고 있던 그 때, 터미널 콜로니가 파괴되는 사건이 연속하여 발생한다. 이 사건의 조사를 위하여 지구연합 우주군은 기동전함 나데시코 B를 메인 터미널 콜로니인 아마테라스에 파견한다. 기동전함 나데시코 B의 함장은 초대 나데시코의 오퍼레이터를 담당했던 16살의 미소녀 호시노 루리. 그녀가 아마테라스의 조사를 시작했을 때 이변이 일어난다. 콜로니의 모든 컴퓨터 윈도우에 [OTIKA]라는 문자가 표시되면서 조작 불능이 된다. 여 함장, 호시노 루리. 그녀에게 내려진 새로운 특명?! 사랑하는 이들을 찾아 떠나는 그녀의 여정이 지금 시작된다.
