Roubado da famosa base "secreta" da Força Aérea, Área 51, o tesouro mais recentemente roubado por Lupin guarda um segredo. Quatro "Bloody Angels", as mulheres mais duros que Lupin já enfrentou e que querem o tesouro para os seus propósitos terroristas. Enquanto isso, Zenigata une-se a uma policia para caçar Lupin e os terroristas.
Japão 1926, décimo quinto ano do reinado do Imperador Taisho. Em Tóquio, por detrás de um aparente mundo magnífico e brilhante, existe uma obscura realidade habitada por monstros mutantes, os Kouma. A luta contra estes está nas mãos das Tropas da Batalha Imperial, as denominadas Teikoku Kegekidan, uma organização secreta formada para lutar contra as forças da obscuridade. Surpreendentemente, os membros são um grupo de encantadoras raparigas, que levam uma nobre e glamorosa vida: de dia como actrizes no teatro da Ópera Imperial, de noite são as mais temíveis guerreiras...
O filme começa exatamente onde acabou a segunda temporada, com Takumi já tendo aprendido a controlar o seu AE86 modificado (na disputa com o AE86 Turbo), e indo para sua revanche contra o 4WD do Kyouichi. Depois dessa super-corrida, o ritmo do filme cai um pouco e mostra os personagens vivendo suas vidas e se preocupando com o futuro, agora que o colegial está terminando. Paralelo a isso, surge um novo competidor querendo se vingar do Takumi e, lógico, nada melhor que desafiá-lo para um racha. Além disso, é mostrado um pouco do passado do Bunta, pai do Takumi.
Dois anos se passaram desde a Guerra. Akito e Yurika desapareceram. Os Jovianos e os Terráqueos se juntaram e Ruri-chan é a nova capitã da Nadesico B. À medida que a popularidade do salto bóson cresceu, uma vasta rede de transporte foi criada. Juntamente com o Plano Hisago, essa rede de portais Chulip detém as respostas para os mistérios por trás das partículas bóson e seu poder. Se esses segredos caírem nas mãos erradas, grandes problemas surgirão. Um grupo de Sucessores Marcianos começou uma ofensiva, deixando as Forças Unificadas confusas e desesperadas. Portanto, a antiga tripulação da Nadesico é reunida em uma missão não-oficial para salvar a todos. Quem vencerá a corrida pela tecnologia bóson? O que aconteceu com Akito e Yurika?
