Shoma Mihara, a freshman in high school, receives a sudden message from his friend Atsushi inviting him to meet again at a mysterious festival. Having been unable to contact Atsushi for three and a half years, Shoma jumps at the chance and heads to join the Starlight Festival, held in a deserted mountain village. Once there, Shoma searches for Atsushi but finds no trace of him. Instead Shoma meets Shiori, a young woman who’s also looking for someone. Kana, the director of the Starlight Festival, assures Shoma that he’ll be able to reunite with Atsushi before the festivities end. Both Shoma and Shiori end up helping with preparations, only to find themselves pulled deeper and deeper into a series of strange happenings. Will Shoma be able to meet his dear friend...?
안개함대의 총기함인 초전함 야마토와 자매함선이자 부총기함인 초전함 무사시. 어느 날, 무사시가 야마토를 격침시킨 후 홀로 어드미럴티 코드의 대변자임을 표명하고 I-401의 함장 군조의 아버지인 치하야 쇼죠를 앞세워 인류에게 무조건 항복을 권고한다. 군조는 아버지가 인류를 배신한 것에 동요하지만 이오나의 격려에 총기함 무사시와의 접촉을 시도하기로 이동하는데 안개학생회의 강력한 공격을 받는다. I-401는 간신히 적들을 무찌르지만 교전 중 입은 손상으로 이오나는 자가 회복 불능한 손상을 입게 되는데..
2038년, 지구온난화에 따른 급격한 해수면 상승으로 몇몇 나라가 침수되기 시작하고 그리고 이를 기다렸다는 듯이 오버테크놀로지를 가진 구형함선 모습을 한 '안개함대' 라고 불리는 정체불명의 함대가 등장한다. 이 안개함대는 막강한 화력으로 전세계 해양 교통망과 공중 교통망을 장악하여 바다를 통하는 인간의 모든 교역로들을 끊어버리고 세계 경제는 붕괴위기에 직면한다. 이에 인간들도 총 전력을 투입하여 반격에 나서지만 압도적인 힘 앞에 패배 당한다. 안개함대와의 최종결전 이후 7년, 정치 경제는 붕괴되고, 통신위성 및 해저상 통신 케이블 파괴, 그리고 안개함대의 방해전파로 통신도 봉쇄되고 각국은 고립되고 만다. 제독의 아들이자 해군 생도인 주인공 '치하야 군조'는 격납고 시찰 멤버로 뽑혀 나포된 안개함대 소속 함선인 '이-401'을 만나게 된다. 몇 년 동안 반응이 없던 '이-401'은 치하야 군조와 만나는 순간 기동 되는데…
