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때로는 서기 2202년.그 장대한 편도 16만8000광년에 달하는 의자 캔 달에게의 대항해로부터 우주 전함 야마토가 귀환하고, 이미 2년--.
〈코스모 리버스·시스템〉에 의해 이전의 푸른 모습을 되찾은 지구는, 가미라스 제국과도 평화 조약을 체결.
부흥의 한편, 방위 때문에 최신예 전함 안드로메다를 포함한 신예 함대의 정비가 진행되고 있었다.
의자 캔 달의 스타 샤의 소원도 허무하고, 지구는 군비 확장으로의 길을 걷기 시작하고 있던 것이다.
과연 이것이, 둘도 없는 수많은 희생의 끝에 야마토가 완수한, 진정한 평화인 것인가?
우주의 평온을 바라는 여신 테레사의 기도가, 야마토를 새로운 항해에 권한다.지금, 우주를 석권하는 가트란티스의 위협이, 지구에 가까워지고 있었던--.
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TVA 애니메이션 우주전함 야마토 2199의 속편 극장판. 24화~25화 사이의 3개월간에 있었던 일을 다룬다.
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2191년, 지구인류는 역사상 최초로 지구외 지적생명체인 가미라스인과 조우하게 되었으나, 이 조우는 곧바로 우주전쟁으로 발전한다. 압도적인 군사력을 가진 가미라스에 방위함대는 괴멸해버리고, 명왕성에서 발사한 유성폭탄에 폭격당한 지구는 바다가 증발하고 대기가 오염돼 죽음의 행성이 되어버린다. 인류는 지하도시에 대피하지만 지상의 오염이 점점 잦아들기 시작하고, 에너지 부족, 기아, 폭동등의 사태들에 괴로워하고 있었다. 인류멸망까지 딱 1년이 남은 2199년. 오키타 쥬조가 이끄는 UN 우주군 제1함대는 '아마테라스'라는 암호명을 가진 1척의 우주선이 화성에 추락한 한 것을 발견, 잔해에서 캡슐을 회수한다. 캡슐에는 외계행성 이스캔달에서 보내온 메시지와 파동엔진을 만들 수 있는 에너지원 파동 코어가 들어있었다. 이스캔달인은 오염물질을 정화할수 있는 시스템을 받아오길 희망하고 있었다. 인류는 우주전함 야마토에 파동 코어를 장착해 항성간 항해가 가능하도록 개조, 이스캔달에서 오염정화 시스템을 받아오는 '야마토 계획'을 발족한다. 남은 시간은 1년, 오키타 함장과 크루들은 임무를 완수할 수 있을것인가?