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A história do anime é ambientada no ano de 2202, três anos após o retorno do Yamato do planeta Iscandar. As pessoas da Terra restauraram seu planeta com o Cosmo Reverse System e assinaram um tratado de paz com Garmillas. Além da reconstrução, a Terra desenvolveu uma nova frota de defesa que inclui o state-of-the-art do navio de guerra Andrômeda. A Terra segue um caminho de expansão militar, apesar dos desejos de Starsha Iscandar. O Yamato ajuda a realizar essa chamada paz, mas tem o preço de muitos sacrifícios inestimáveis. A deusa Teresa, que reza pela tranqüilidade no espaço, chama os Yamato para uma nova viagem. A ameaça de Gatlantis está varrendo o universo e se aproximando da Terra.
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O ano é 2199. Yamato tentou deixar para trás a galáxia Grande Nuvem de Magalhães, após receber um "Sistema Inverso Cosmo" em seu destino, Iscandar. No entanto, de repente, ele encontra um grupo misterioso na borda da Grande Nuvem de Magalhães. A tripulação descobre que o grupo é chamado de "Gatlantis" e que seu líder é o comandante da força expedicionária de Gutaba que se autodenomina "Goran Dagaamu do Trovão". O comandante exige que Yamato seja entregue a ele. Yamato, querendo correr para a Terra, escapa da briga. No entanto, Yamato é atacado por uma arma de raio devastadora chamada "Canhão de ataque direto de chamas" que pode transcender o espaço. Yamato conseguiu recuar, mas acaba se perdendo e se encontra em uma dimensão irregular de cor estranha. A tripulação decide desligar o motor da nave e explorar um planeta misterioso.
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Compilation film of "Space Battleship Yamato 2199" TV series. The year is 2199. The human race has been crushed in their war with the Gamilos, driven into underground cities by the invader's assault. Scientists estimate they have only a year left. The young officers Susumu Kodai and Daisuke Shima receive a mysterious capsule from a ship that made an emergency landing on Mars and return with it to Earth. It contains humanity's last hope: the planet Iscandar on the other side of the Magellan Galaxy has the technology to defeat the Gamilos and restore the planet. The space battleship Yamato is entrusted with this task, but they have only one year before humanity ends.
