공작원 소탕 임무를 받고 알래그란사 섬에 도착한 ‘아무로 레이’. 섬에서 본 건 아이들과 자쿠의 망령이었다. '아무로'는 기습 공격에 맞서던 중 절벽 아래로 떨어지고 ‘쿠쿠르스 도안’과 아이들의 도움을 받아 그들과 함께 생활하며 잃어버린 건담을 찾아 나선다. 한편, ‘아무로’를 구하러 온 화이트 베이스 부대와 ‘도안’의 전 소속 부대인 지온의 서던 크로스 부대가 동시에 나타나 결전을 벌이며 섬의 평화는 깨지고 마는데…
10대 중반에 외모의 성장이 멈추고 수백년을 사는 장수 민족 이올프는 인간이 사는 마을에서 멀리 떨어져 조용히 살고 있었다. 하지만 그들의 온화한 일상은 장수의 피를 요구하는 메자테 군에 의해 파괴된다. 모든 것을 잃고 외톨이가 된 이올프의 소녀 마키아는 숲을 방황하던 중 부모를 잃은 아기를 운명적으로 만나 그를 키워 나가기로 결심한다.
The older boys are graduating school and recount their memories together. The next day everyone defends the graduation ceremony against Zundar and Dadacha's Second-Button Monster, but Yumoto struggles using his love power.
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