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운명 따위에게, 나도, 이 아이도 지지 않을거야. 한때 세계를 멸망시켜 400년이 지난 지금까지도 사람들에게 있어서 공포의 대상이며, 미움받는 존재 "질투의 마녀". 전설에 의하면 그녀는 자주색 눈빛을 가진 은발의 하프 엘프였다고 한다. 눈과 얼음으로 뒤덮인 엘리오르 대산림에 혼자 살고있는 에밀리아는 질투의 마녀를 쏙 빼닮았다는 이유로 남들의 두려움을 받고있었다. 오해받고 비난받아도, 그래도 작은 희망을 가지며 고독 속에서 살고 있었던 에밀리아의 앞에 나타난 것은 작은 고양이의 모습을 한 정령이었다.
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광기의 매드 사이언티스트를 자칭하는 오카베 린타로와 그의 라보멤 동료들은 우연히 과거로 보낼 수 있는 메일 “D메일”을 발명하게 된다, 그러나 과거를 몇 번이고 바꿔도 동료의 죽음을 막지 못하는 어두운 미래만이 있고 오카베 린타로는 절망하게 된다. 그런 그가 찾아낸 한줄기 빛은 누구도 죽지 않는 미래 즉 슈타인즈 게이트라고 불리는 세계선. 시간축을 뛰어넘어 얽혀있는 문제를 풀어내 드디어 슈타인즈 게이트에 도달하게 되지만 몇 개의 세계선을 넘어다닌 오카베의 뇌에 거대한 부하가 걸리기 시작하고 만다.
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지구연방 신정부의 유화정책에 의해 점차 평화를 되찾아가는 세계. 거기에 CB의 모습은 보이지 않았다. 목성에서 돌연 나타나 지구를 향하는 지구 외 변이성 금속체 ELS의 대군, 그리고 아직 외계 종족과의 대화의 준비를 갖추지 못한 인류. 대화에 앞서 생존을 위해, 그리고 어쩌면 가능할지도 모르는 대화를 위해 CB와 건담 마이스터들은 다시금 싸움터로 향한다.
