Tim de Pala

지구에 잠입한 외계인을 감시하는 MIB요원 제이. 요원 케이가 MIB를 떠난 후, 많은 파트너들과 호흡을 맞추지만 베테랑 케이의 빈자리가 크기만 하다. 또 다른 수다쟁이 요원 프랭크는 파트너라기보다 오히려 제이를 거추장스럽게 하며 말썽만 피울 뿐인데… 그러던 중 25년전, MIB에게 당한 복수를 위해 마이크로 우주선이 지구에 침입한다. 콜라캔 크기의 우주선에서 내린 외계 생명체는 여성지 모델로 자신을 복제하고 MIB에 침입한다. 그녀의 이름은 셀리나… MIB요원 중 일부가 셀리나와 손을 잡게 된 사실을 알게 되는 제이. 그러나 때는 이미 늦어 지구는 은하계의 전쟁에 휘말린 위험에 처하게 된다. 위기에 놓인 지구, 요원 제이는 요원 케이의 도움을 필요로 하게 되고 제이는 케이의 기억을 복구시키려 갖은 애를 쓰는데…

미국 애리조나에 거대한 운석이 떨어진다. 국방성 소속 과학자였지만 불미한 사건으로 지금은 지방 학교의 생물학 교수로 살고 있는 아이라 케인(데이비드 두코브니)은 동료 지질학 교수 해리 블록(올랜도 존스)와 함께 이 운석을 조사하던 중 운석 속에 생물체가 급격한 속도로 진화하고 있음을 발견한다. 이 발견을 통해 재기를 노리던 아이라는 전에 함께 일했던 우드먼 장군과 새로운 정부 소속 과학자 앨리슨 리드(줄리앤 무어)와 부딪치고, 급기야 운석 조사팀에서 제외된다. 이 외계 생물체는 기하 급수적으로 늘어가고 지구의 환경에도 서서히 적응해가면서 서서히 사람들에게 공격을 가하기 시작한다.