Tim de Pala

5年前、相棒のKとともに地球の危機を救ったJは、いまやMIBのエリート捜査官。日常業務を淡々とこなす平穏な毎日を送っていた。しかし、そんな彼の前に新たな敵が出現した。地球上では下着のモデルとして活躍している超セクシー宇宙人のサーリーナに、なんとMIB本部が占拠されてしまう。一人助かったJが頼れるのは、現在は引退している元相棒のKだけ。ところが、郵便局員となったKは完全に平和ボケ状態。しかもエージェント時代の記憶をきれいに消されていた。果たして、Kは記憶を取り戻し、敏腕エージェントとしてJとともに地球を救うことができるのか？

アリゾナ州の砂漠に隕石が墜落。近くの大学で講義をしていた生物学者アイラと地質学者ハリーは、現場で採取した不思議な液体から地球上に存在しない構造を有したDNAを発見する。それは驚異的な速度で単細胞へと進化し増殖していった。再び墜落現場に赴た二人は、そこが奇妙な軟体生物と昆虫らしき生命体に覆われ、独自の環境を築きつつあるのを目撃する。