원인을 알 수 없는 미스터리 현상들이 뉴욕의 곳곳에서 발생되고, 사람들이 계속해서 스스로 목숨을 끊는 사태가 벌어진다. 이러한 엄청난 사태가 속출되자 모든 학교들이 임시 휴교에 돌입하고 뉴욕에는 대피령이 내려진다. 고등학교 과학 선생님인 엘리엇(마크 윌버그)은 정체 불명의 미스터리 현상들로부터 도망치기 위해 부인 알마(주이 디샤넬)와 수학 선생님 줄리앙(존 레귀자모), 그리고 그의 8살난 딸 제스(에슐린 산체스)와 함께 기차를 타고 펜실베니아의 시골로 향한다. 그러나 이 끔찍한 사건들은 뉴욕 뿐만 아니라 필라델피아, 뉴잉글랜드, 메사추세츠, 메릴란드를 시작으로 전 세계로 확산되고, 기차 안 사람들의 공포와 불안감 또한 극도로 커져만 간다. 그러던 중 갑자기 기차의 모든 시스템이 중단되고, 세상 모두와 연락이 끊긴 것을 알아챈 엘리엇은 어느 누구도, 어느 곳도 안전하지 못하다는 것을 깨닫게 된다. 과연 이들이 두려워 하는 것은 무엇인가? 인류는 이러한 극한 상황에서 벗어날 수 있을 것인가?
아파트 관리인 클리블랜드 힙(폴 지아마티). 다 타버린 전구나 갈아 끼우는 무료한 일상을 보내던 그에게 운명을 뒤바꿀 엄청난 사건이 일어난다. 평안하다 못해 단조로운 아파트의 어느 날 밤. 클리블랜드는 아파트 수영장에 숨어 있는 신비로운 여자를 발견한다. 그녀는 인간이 아닌 동화 속 요정. 자신의 세계인 ‘블루 월드’로 돌아가다가 괴물들에게 쫓겨 수영장에 숨어 있었던 것이다. 그녀는 자신이 돌아가지 못하면 클리블랜드는 물론 아파트 주민들 모두가 죽음을 맞이할 것이라고 예견하고, 그녀의 경고는 현실이 되어 아파트에 무시무시한 괴물들이 나타나 사람들을 죽음의 공포로 몰아넣는다. 죽음에서 벗어나기 위해서는 그녀를 돌려보내야만 한다. 이제, 그녀에게 특별한 힘을 받은 클리블랜드와 아파트 주민들은 괴물의 공격에 맞서 ‘블루 월드’로 통하는 비밀의 문을 찾아 나선다. 그녀의 세계 그리고 인간의 세계, 모두의 ‘해피 엔딩’을 위해….
미국 펜실베니아 주 벅스 카운티에 소재한 그래함 헤스(멜 깁슨)의 농장 주택! 집안에서 바라본 창밖 세상에는 평화로운 기운만 가득하다. 그런데 바로 그 때 2층 창문의 투명한 유리가 물결치듯이 잠시 일렁이는 것이 아닌가! 그 유리창을 통해 누가 창밖을 보고 있었던 것일까? 바로 그 날 아침 그래함(멜 깁슨)은 아이들과 애완견의 비명소리에 놀라 잠에서 깨어나 밖으로 달려 나간다. 그리곤 경악을 금치 못한다.
필라델피아에서 열차 충돌사고가 발생해 승무원과 승객을 포함해 131명이 그 자리에서 즉사한다. 하지만 놀랍게도 그 가운데 딱 한 사람, 데이비드 던(브루스 윌리스)만이 멀쩡하게 살아 남는다. 그냥 멀쩡하게가 아니라 털끝 하나 다치지 않은 상태로. 데이비드 던은 어느 날 일라이저 프라이스(사무엘 L. 잭슨)란 흑인 남자로부터 쪽지 한 장을 받는다. 당신은 살아가면서 도대체 며칠간이나 아파봤느냐는 이상야릇한 내용이다. 일라이저를 만나면서부터 데이비드 던은 자신에게 숨겨져 있는 비밀스런 능력을 발견하게 되는데...
아동 심리학자인 크로우 박사(브루스 윌리스)는 필라델피아 주지사에게 아동을 위해 기여했다는 공로로 상을 받는다. 그날 밤, 부인과 함께 2층에 올라간 말콤 박사는 낯선 침입자를 발견하게 된다. 그 침입자는 몇 년 전 말콤 박사가 치료를 맡았던 '빈센트 그레이'라는 환자인데, 박사는 그에게 총상을 입고 그는 자살한다. 이듬 해 가을, 총상에서 회복한 크로우 박사는 '콜 시어'라는 자폐증에 걸린 8살 된 소년의 정신 치료를 맡게 된다. 콜은 처음엔 쉽게 마음을 열지 않다가 박사의 계속된 노력으로 누구에게도 말하지 않은 비밀을 말한다. 즉 콜은 항상 귀신들이 보이며, 귀신들은 자신이 죽었는지조차 모르고, 보고 싶은 것만 본다고 이야기한다. 박사는 쉽게 믿으려 하지를 않고 마침 부인의 외도를 목격한 후 콜의 치료를 포기하려고 한다. 그러다가 박사는 옛 환자였던 빈센트와의 상담 녹음 테잎에서 귀신의 소리인 듯한 소리를 듣게 되고 콜을 찾아가 콜이 귀신에 대한 공포를 이겨내는 걸 돕게 된다.
