러시아 크렘린 궁 폭발 테러 사건에 연루되며 사상 초유의 존립 위기를 맞게 된 IMF. 국가적 분쟁을 피하기 위해 미 정부는 IMF 조직에 대해 고스트 프로토콜을 발동하고, 조직의 과거도 정체도 모두 지워버린다. 순식간에 국제 테러리스트가 되어 버린 특수 비밀요원 이단 헌트는 자신과 조직의 명예를 되찾기 위해 지상 최대의 불가능한 미션을 다시 시작한다. 누구도 좀처럼 믿지 않는 그이지만, 이번만큼은 현재 의지할 수 있는 유일한 동료 세 명과 함께 새로운 팀을 이뤄 임무에 나선다. 그들의 임무는 소련과 미국을 이간질해 핵전쟁을 일으키려는 매드사이언티스트를 막는 것인데...
최고의 범죄 프로파일러를 노린 죽음의 카운트다운... 당신은 88분 후에 죽게 된다...
수많은 연쇄 살인범을 검거하는 데 결정적인 역할을 한 저명한 범죄 심리학자 잭 그램(알 파치노). 그는 익명의 범인으로부터 자신의 죽음을 예고하는 전화를 받게 된다. 그에게 주어진 단서는 오직 88분 후 자신이 죽게 될 것이라는 사실뿐. 곧 사형을 앞둔 연쇄 살인범을 비롯해 자신과 관련된 주변 모두를 용의자로 생각하며 범인을 추적하는 잭 그램이 과연 범인의 정체를 밝혀낼 수 있을 지, 그리고 살아남을 수 있을지...
