Acusado do atentado terrorista ao Kremlin, o operacional do FMI Ethan Hunt é renegado bem como o resto da agência, quando o Presidente inicia a “Operação Fantasma". Sem recursos ou apoios, Ethan terá de encontrar uma forma de limpar o nome da agência e prevenir outro ataque. Para piorar a situação, Ethan é obrigado a embarcar nesta missão com uma equipa de colegas fugitivos do FMI, cujos motivos pessoais ele não conhece.
Jack Gramm (Al Pacino) é um professor que também exerce o trabalho de psicanalista para o FBI. Ameaçado, ele tem apenas 88 minutos de vida para usar suas habilidades e encontrar o assassino, antes que o tempo se esgote. Os suspeitos são dois alunos problemáticos, uma amante rejeitada e um assassino que está no corredor da morte.
