전 세계에 산업혁명의 물결이 밀어닥쳐 근세에서 근대로 넘어가는 19세기~20세기 무렵, 갑자기 불사의 괴물이 나타났다. 강철 피막으로 덮인 심장을 꿰뚫지 않는 한 죽지 않고, 그에 물린 자는 같은 괴물이 되어 사람을 덮친다고 한다. 훗날 '카바네'라 불리게 되는 괴물은 폭발적으로 증식하여 전 세계를 뒤덮어 갔다. 극동의 섬나라인 히노모토(日ノ本)에서는, 카바네의 위협에 맞서 전선을 뚫고있던 두꺼운 장갑으로 덮인 장갑 증기기관차(통칭 준성(駿城))중 하나인 갑철성(甲鉄城)에서 살아남은 이코마 일행은 카바네와 인간의 공방전의 땅, 동해에 밀접해 있는 폐역 「해문(海門)」에서 현로(玄路), 호락(虎落), 해문의 주민들과 「연합군」을 결성, 카바네 격퇴의 대책을 세우고 있었다. 그런 와중, 이코마(生駒)는 해문의 카바네가 통제된 집단 행동을 하는 특징이 있음을 알게 된다. 그 사실을 연합군에 보고하는 이코마였지만, 상대되지 않고 오히려 카바네리라는 이유로 연합군으로부터 억압되고 만다. 이에 분노에 휩싸여 냉정함을 잃은 이코마는 단신으로 적진에 쳐들어갈 것을 결심한다. 한편, 무메이(無名)는 지금까지 자신을 이끌어준 이코마에게 지금까지와는 다른 감정이 싹트기 시작한다. 하지만 그곳에 이코마가 단신으로 적진에 쳐들어간다는 소식이 들려오게 되는데──. ──새롭게 시작된 카바네와의 싸움. 그리고 무메이와 이코마의 운명은!?
현립 오아라이 여학원 전차도 팀은 전국 고교 전차도 대회 우승 기념으로 열린 2:2 팀 익시비전 경기에 출전, 치하탄 학원과 팀을 맺어 프라우다 고교& 세인트 글로리아나 여학원 연합과 시합한다. 플래그 차량을 포함한 세인트 글로리아나 전차 4대를 골프장 벙커 쪽으로 몰아넣고 압박함과 동시에 프라우다/세인트 글로리아나의 크루세이더 소대가 지원을 오지 못하도록 언덕에 수비진을 배치하는 전략이 잘먹혀 초반엔 상당한 이득을 보나, 전통대로 돌격하자는 말과 함께 닥돌하는 치하탄 학원 전차 대부분이 격파를 당하며 진영이 붕괴된다. 이를 만회하기 위해 전장을 오아라이 항구로 옮겨 시가전을 벌여 치열한 승부를 펼치지만, 마지막 순간 미호의 전술을 눈치챈 다즐링이 카추샤와의 협공으로 4호를 격파하며 현립 오아라이 여학원 & 치하탄 학원팀은 패배한다.
하쿠오우 여학원 고등부에 다니는 카토 마리카는 정부 발행의 사략선 면허를 지난 합법 우주해적이다. 마리카는 학업, 우주요트부 부장, 찻집 램프관에서의 아르바이트, 그리고 우주해적선 벤텐마루의 선장으로서 바쁜 날들을 보내고 있다. 3학년 진급을 앞둔 봄방학 어느 날, 호화여객선에서의 해적영업을 의뢰받은 마리카는 승객리스트 안에서 은하패스의 소유자, 무겐 카나타의 이름을 발견한다. 카나타의 아버지이며 저명한 '아공간 다이버'인 무겐 박사와의 약속을 지키기 위해 해적쇼가 한창인 가운데 마리카는 카나타에게 말을 건다. "아공의 강, 그 끝은 무슨 색인가?" 그리고 소년과 해적의 아공을 달리는 모험이 시작된다!
하쿠오우 여학원 고등부에 다니는 카토 마리카는 정부 발행의 사략선 면허를 지난 합법 우주해적이다. 마리카는 학업, 우주요트부 부장, 찻집 램프관에서의 아르바이트, 그리고 우주해적선 벤텐마루의 선장으로서 바쁜 날들을 보내고 있다. 3학년 진급을 앞둔 봄방학 어느 날, 호화여객선에서의 해적영업을 의뢰받은 마리카는 승객리스트 안에서 은하패스의 소유자, 무겐 카나타의 이름을 발견한다. 카나타의 아버지이며 저명한 '아공간 다이버'인 무겐 박사와의 약속을 지키기 위해 해적쇼가 한창인 가운데 마리카는 카나타에게 말을 건다. "아공의 강, 그 끝은 무슨 색인가?" 그리고 소년과 해적의 아공을 달리는 모험이 시작된다!