포켓몬 트레이너의 자격을 얻을 수 있는 10살이 되는 아침을 맞이한 지우는 오박사 연구소에서 파트너 포켓몬을 받을 예정이었지만, 늦잠을 자게 되고 마지막으로 남아 있는 낯을 가리고 사람을 잘 안 따르는 포켓몬 피카츄와 파트너가 된다. 첫만남부터 티격태격하며 우정을 쌓아가던 중 우연히 전설의 포켓몬을 목격하게 된 지우와 피카츄는 다시 한번 전설의 포켓몬을 찾아 떠나기로 약속하는데...
지우와 피카츄 일행은 '무엇이든지 소환할 수 있는 링'을 가진 환상의 포켓몬 후파를 만난다. 그때, 데세르시티에서는 엄청난 포켓몬을 봉인한 '굴레의 항아리'에 사악한 기운이 흐르고...! '굴레의 항아리'를 열고 분노의 힘으로 되살아난 '검은 그림자'! 그 그림자의 정체는 바로 '후파'의 본래 모습, 초후파였다! 초후파는 힘을 되찾기 위해 포켓몬계의 최강 파워를 자랑하는 전설의 포켓몬들을 소환하기 시작하고! 지우와 후파 일행은 위기에 빠진 마을을 지키키 위해 이를 대적할 가공할만한 파워의 다른 전설의 포켓몬을 소환해내는데...!
보석포켓몬 '멜리시'들이 평화롭게 살아가던 '다이아몬드 광산국'에 엄청난 위기가 찾아왔다! 바로 나라를 유지하는 힘인 '신성한 다이아'가그 운명을 다 하려 하고 있는 것! 신성한 다이아를 만슬 수 있는 것은 오직 이 나라의 공주 '디안시'뿐! 디안시는 그 힘을 얻기 위해 생명의 포켓몬 '제르네아스'를 찾아 먼 길을 떠나는데...! 그런데, 그 앞에 나타난 것은 ... 파괴의 포켓몬 '이벨타르?!' 이제 지우와 친구들, 그리고 디안시가 멸망해가는 왕국을 구하기 위한 대모험에 나선다!!
10년전 원인 불명의 대화재로 인해 후유키 시는 참상을 겪었다. 그 화재의 원인이 '성배전쟁'이라 불리는 마술사들의 싸움이었다는 사실을 알고 있는 자는 극히 적다. 손에 넣은 자의 소원을 이루어 준다는 성배. 후유키 시의 관리를 맡고 있는 명문 마술사 가문인 토오사카 가의 젊은 당주 토오사카 린은 10년 전의 성배전쟁에서 아버지를 잃고, 다음엔 반드시 이기겠노라 다짐하며 준비를 갖추고 서번트 소환을 실시한다.
