어린 시절, 소꿉친구인 오리모토 리카를 교통사고로 눈 앞에서 잃은 옷코츠 유타. 옷코츠는 원령으로 변한 리카의 저주에 괴로워한 나머지 자신도 죽기를 바라지만, 최강의 주술사인 고죠 사토루에 의해 주술고전에 들어가게 된다. 그리고 동급생인 젠인 마키, 이누마키 토게, 판다를 만나면서 굳은 결심을 한다. 한편 옷코츠와 친구들 앞에 과거에 일반인을 대량으로 학살해서 고전에서 추방된 최악의 주저사인 게토 스구루가 나타난다. 주술사만의 낙원을 만들려는 게토는 비술사를 섬멸하겠다면서 신주쿠와 교토에 천의 저주를 내리는데...
옛날, 발리안테라는 나라에서 대규모 마녀사냥이 실행되었다. 하지만 그 실태는 사람들을 보호해온 마계기사와 마계법사들을 제거하여 실권을 장악하려는 것이며, 국왕의 측근 멘도사에 의한 쿠데타였다. 시간은 흘러, 한 소년 레온이 발리안테 왕국에 도착. 레온이야말로 잃어버린 오랜 전설의 마계기사 황금기사 가로의 칭호를 받아 이어가는 운명의 사람. 레온은 마녀사냥의 시기에 흘러 화형에 처해지면서 어머니에게 낳아진 불의 기억이 소리없이 조용히 불타고 있다. 그와 동시에 또 다른 한 사람, 결의를 품에 안은 소년 알폰소가 등장. 옛날 어머니와 같이 발리안테를 몰래 탈출해 유랑한 왕자인 알폰소는 멘도사로부터 나라를 빼앗으려 남은 희망인 빛의 기사를 찾아왔다. 운명에 놀림받은 2명의 기사가 숙명의 나라에서 만날 때, 이야기는 조용히 시작된다.
On a walk home, Keroro and Fuyuki stumble upon a hidden shrine. Upon exploring it, they end up causing damage to a shining orb within it. That night, Keroro finds a large X on his face, which causes him considerable distraught. The next morning, a breaking news story shows that the X has spread to more than just Keroro, giving the people of Tokyo telepathic abilities, including the Hinata Household and the Keroro Platoon. The Pekoponians seem to think this is a great gift, but the mark may actually be part of a Pekopon invasion older than time itself.