의대생이자 유명한 모델인 ‘신도 아이’는 의문의 괴한들로부터 목숨의 위협을 받던 중, 업계 최고의 해결사인 시티헌터 ‘사에바 료’에게 경호를 의뢰한다. 사에바 료는 파트너 ‘마키무라 카오리’와 함께 그녀를 보호하지만, 악당들은 포기하지 않고 더욱 거세게 그녀와 시티헌터 일당을 위협한다. 적들이 상상 이상으로 위험한 집단이라는 것을 알게 된 사에바 료는 그들의 야욕을 막기 위해 위험천만한 전투에 뛰어드는데…!
니어 서드 임팩트로부터 14년 뒤, 초호기 안에 잠들어 있던 신지가 깨어난다. 신지의 눈앞에 펼쳐진 세계는 모든 것이 낯설다. 미사토를 비롯한 네르프 구성원 대부분은 네르프에 저항하는 단체 뷔레를 결성하여 인류보완계획을 저지하기 위해 전투를 벌인다. 아무것도 하지 마라는 미사토의 발언에 반발하여 네르프에서 파견된 레이를 따라나서는 신지. 그녀가 자신이 알고 있던 레이가 아니란 사실을 깨닫고 실망하지만 자신을 이해해주는 카오루를 만나 위안을 얻고, 카오루의 설득으로 모든 걸 원래대로 되돌리기 위해 다시 한번 에반게리온에 탑승할 것을 결심한다.
어느 날, 교도소가 폭파되는 사고가 발생하자 ‘에드’와 ‘알’ 형제는 그 곳으로 향하게 되고 거기서 ‘멜빈’이라는 탈옥수와 대치하게 된다. ‘멜빈’이 사용한 미지의 연금술로 인해 ‘에드’와 ‘알’은 그를 놓치게 되고, 신비로운 연금술의 비밀을 풀기 위해 이를 조사하던 중 ‘멜빈’에 대한 단서를 얻게 된다. 그러던 중 ‘멜빈’이 얼마 전 ‘아메스트리’라는 나라에 밀입국하려다 체포된 크레타인 ‘줄리아’와 관련이 있다는 사실을 알게 되자 그녀를 찾기 위해 ‘크레타’라는 나라와 국경을 접하고 있는 ‘테이블 시티’로 떠나게 되는데...
세컨드 임팩트의 충격으로 인류의 절반이 사망한 지구. 어린 시절부터 떨어져서 지낸 아버지 겐도의 갑작스런 호출을 받은 14살 소년 신지는 도쿄 제 3지구로 올라오게 된다. 그 곳에서 자신이 정체불명의 적 사도의 공격에 대항하기 위해 개발한 생체 전투병기 에반게리온 초호기의 파일럿으로 선택되었다는 사실을 듣게 된 신지. 운명을 피해보려 하지만 결국 명령을 거역하지 못하고 탑승하게 된다. 본인의 의지에 상관없이 주변의 기대에 부응하기 위해 파일럿이 된 그는 전투에 에바 0호기의 파일럿이자 제1의 소녀 레이를 만나게 되는데...
하나구미의 대장인 오오가미 중위가 파리로 유랑을 떠나고, 크리스마스 공연으로 분주한 대제국 극장에 한명의 소녀가 나타난다. 소녀의 이름은 라쳇 알타이르. 하나구미에 새로이 배속된 라쳇은 호시구미의 전 대장으로 언제나 합리성과 개인주의를 따르기 때문에 하나구미의 멤버들과 충돌을 겪는다. 그리고 제도에 나타는 의문의 강마와 싸우는 하나구미 앞에 압도적인 강함으로 강마를 처리하는 정체불명의 인형연기, 야프키엘이었다.
