Quatorze anos se passaram desde o Terceiro Impacto. Shinji Ikari é resgatado da Unidade 01 e descobre que as coisas mudaram, mas não para melhor: O mundo foi devastado, seus antigos aliados da NERV tornaram-se hostis em relação a ele e Rei Ayanami, a menina que ele arriscou tudo para salvar, está longe de ser encontrada. Enquanto ele tenta se adaptar a esse estranho e novo mundo, Shinji faz amizade com o enigmático Kaworu Nagisa. Juntos na busca de Rei, os dois aprendem as terríveis verdades por trás dos Anjos, da NERV e dos Evangelions. Mas um raio de esperança permanece para os dois garotos: Uma oportunidade única para desfazer os erros do passado. Agora, os restos da humanidade estão atrás deles, os Anjos se apressam para detê-los e seus velhos amigos os declararam inimigos públicos número um. Apenas com Kaworu para apoiá-lo e todo o mundo contra ele, Shinji agora deve lutar por sua única chance de redenção. Mas isso pode significar terminar o que ele começou: O fim do mundo!
Depois de um misterioso prisioneiro foge da prisão na Cidade Central, começa a tentativa dos irmãos Elric de recapturá-lo. A busca acaba levando-os a Table City, no sudoeste do país de Creta, onde Alphonse resgata uma jovem alquimista chamada Julia do homem que está tentando capturá-la. No meio da luta, eles literalmente caem na casa de Julia, nas favelas de Milos Valley, e, só então, percebem que estão envolvidos na popular rebelião de seu povo.
Tokyo-3 permanece em pé após a maior parte da civilização ter sido dizimada no Segundo Impacto. Agora, a cidade sofre o ataque incessante dos estranhos e mortais Anjos, criaturas bizarras empenhadas em exterminar a raça humana. Para combater esse cruel inimigo, a agência governamental NERV constrói uma frota de máquinas humanóides (os EVAs) e Shinji Ikari é chamado para entrar em ação! Vivendo uma vida de solidão e questionando sua própria existência, Shinji se esforça para aceitar a responsabilidade para a batalha pela sobrevivência da humanidade.
Quatro músicos de outra galáxia, que formam o grupo "Crescendolls", são raptados por um agente inescrupuloso. O raptor quer fazer deles o maior grupo musical da Terra e, para isso, os conduz por uma longa viagem cósmica.
O filme é a realização visual de "Discovery", um álbum do Daft Punk. Cada clipe do álbum foi animado como um episódio da história de seqüestro e resgate de uma banda de pop interestelar.
Japão 1926, décimo quinto ano do reinado do Imperador Taisho. Em Tóquio, por detrás de um aparente mundo magnífico e brilhante, existe uma obscura realidade habitada por monstros mutantes, os Kouma. A luta contra estes está nas mãos das Tropas da Batalha Imperial, as denominadas Teikoku Kegekidan, uma organização secreta formada para lutar contra as forças da obscuridade. Surpreendentemente, os membros são um grupo de encantadoras raparigas, que levam uma nobre e glamorosa vida: de dia como actrizes no teatro da Ópera Imperial, de noite são as mais temíveis guerreiras...
