우메사토 중학교에는 스쿨 카스트가 존재하는데 그 가장 밑바닥에 있는 소년이 바로 아리타 하루유키이다. 그는 언제나처럼 그를 괴롭히는 같은 반 남학생들에게 빵셔틀 노릇을 하고 학교의 로컬 네트워크에 접속 하여 홀로 스쿼시 게임을 하곤 했다. 그러던 어느날, 스쿼시 게임의 놀라운 스코어를 본 학생 부회장인 2학년 선배 흑설공주가 하루유키에게 접촉해오게 되고, 그녀에 의해 가속 세계라는 비일상의 문에 발을 들여 놓게 된다.
십 수년 전. 수수께끼의 닌자 가면 남자에 의해 거대한 마수 구미가 풀려나고 만다. 구미에 쫓겨 괴멸 위기에 처한 나뭇잎 마을. 마을을 지킬 수 있는 방법은 단 한가지. 리더인 4대 호카게 미나토와 아내 쿠시나가 함께 막 태어난 아들 나루토의 몸에 구미를 봉인하는 것 뿐. 자신의 생명을 희생한 두 사람에 의해 가까스로 마을은 구해지고, 그 미래는 나루토에게 맡겨지게 되는데. 시간은 흘러, 죽은 줄로 알고 있던 멤버까지 합세해 아카츠키가 나뭇잎 마을을 습격한다. 그런데 이상하게도 아카츠키는 별다른 반격도 없이 물러난다. 사투를 끝낸 나루토는 갑자기 나뭇잎 마을에 모습을 드러낸 가면 남자로부터 습격을 받는다. 사쿠라와 나루토는 가면 남자의 동술에 당해 정신을 잃게 된다. 그런데 눈을 뜬 두 사람 앞에 펼쳐진 나뭇잎 마을이 평소와 다르다는 것을 깨닫는다. 카카시나, 츠나데, 제7반의 멤버, 언제나 함께한 동료들이 마치 다른 사람인 것처럼 변해 있는 것이 아닌가. 게다가 사스케까지 마을에 돌아와 있다. 더 놀라운 것은 죽은 나루토의 부모 미나토와 쿠시나가 살아 있는 것!! 도대체 무슨 일이 일어 난 걸까? 갑자기 눈앞의 현실이 변해버리고 만 것에 대해 당혹해 하는 나루토와 사쿠라. 하지만 나루토는 부모와 만날 수 있게 되었다는 기쁨을 감출 수가 없다. 한편, 이 세계는 또 한번 가면 남자에 의해 존망의 위기를 맞게 된다. 구미의 힘을 노리는 가면 남자. 또 한번 나뭇잎 마을에 멸망의 위기가 찾아오게 되는데…과연, 나루토는 가면 남자로부터 세계를 지켜낼 수 있을까?
그 야망을 저지하라! 호카게 츠나데로부터 임무를 받은 나루토는 사쿠라, 야마토와 함께 도망친 닌자 무카데를 쫓아 모래에 가려져있는 폐가 ‘로우란’에 도착한다. 무카데가 노리는 것은 로우란의 지하에 잠들어 있는 ‘용맥’. 결판을 내기 위해 폐허 속 깊은 곳으로 향하는 나루토. 하지만, 무카데에 의해 봉인이 풀린 ‘용맥’의 힘에 삼켜져 버리고 마는데…
라오우는 자신의 동료인 소우가, 레이나와 함께 이 세상을 함께 구할 것을 맹세한다. 핵전쟁으로 세상은 모두 폐허가 되고 혼란스러운 세상에 라오우는 스스로 권왕이라 칭하며 자신의 존재를 드러내기 시작한다. 스스로 라오우의 친위대장으로 활약하던 레이나는 라오우를 사랑하고 있었고 소우가가 먼저 세상을 떠나게 된다. 이 사건을 계기로 레이나는 토키와 켄시로를 포섭하고자 하는데…
Ruby is an Aurora Girl who makes northern lights together with her kind. She is banished from Aurora no kuni (Aurora Land) because of her selfishness and horrible behaviour, and she is told to find a stone called Aurora no Shizuku that can grant three wishes. That way she will be forgiven. Ruby meets Anpanman and lies to him that she needs the stone to rescue her land. But when Baikinman is also interested in getting the three wishes, Ruby is torn between the choice of helping her new friends or being able to return to Aurora no kuni.
고렘의 마을을 지나가던 리나 일행은 날뛰는 고렘으로부터 라이어 아인버그라는 소녀를 구해주게된다. 그 소녀에게 거나하게 대접을 받을 요량으로 리나 일행이 그녀의 집에 도착했을 때 그녀의 아버지 가이아 아인버그와 오빠인 휴이 아인버그가 싸우고 있었다. 한참을 싸우던 그 둘은 각각 리나와 나가를 보고 그녀들을 모델로 하여 고렘을 만들어야겠다는 창작욕에 불타게 된다. 하지만 부자지간인 그들은 그만 마을을 둘러싼 두 왕가, 즉 로드 하이젠과 로드 그래니온에게 서로 매수를 당해 싸워야만 할 처지가 되고 만다. 리나와 나가를 모델로 하여 완성된 고렘을 이용한 싸움은 결국 리나와 나가의 싸움으로 이어지게 되는데...
