평화로운 바닷가 마을. 불투명한 미래를 두려워하는 대학생 히나코와 그녀와의 영원을 약속한 소방관 미나토. 바다에서 시작된 그들의 사랑은 파도와 함께 물거품처럼 사라진다. “내가 그 노래를 부르면 물 속에 나타나는 거지?” 미나토의 죽음 이후 슬픔에 가라앉은 히나코. 그리운 마음으로 노래를 부르는 그녀의 물 잔 속에 미나토가 나타난다. “사라지지 마!” 손을 잡을 수도, 안을 수도 없는 두 사람. 히나코 앞에 다시 나타난 미나토에게는 그만의 비밀이 있는데…
"새벽의 봉기" 이후 지구로 향한 샤아는 신비한 힘을 지닌 소녀 라라아 슨과 만난다. 한편 RX-78개발 계획을 추진하던 아무로의 아버지 템 레이는 지온의 모빌 슈트 개발의 중요 인물 미노프스키 박사의 망명 소식을 듣고 달로 향한다. 달 표면 트와일라잇 존에서 벌어지는 인류사상 최초의, 모빌 슈트 간의 사투, 그리고 때는 우주 세기 0079년 지구에서 가장 먼 우주 도시 사이드 3은 지온 공국이란 이름 하에 지구 연방 정부에 독립 전쟁을 벌이고 있다. 인류 전체 인구 절반을 죽음에 이르게 한, 동란의 시대가 시작되려 하고 있다.