할머니에게 물려받은 [우인장] 덕분에 인간과 요괴들 사이에서 바쁜 나날을 보내고 있는 나츠메. 어느 날 옆 마을에 수상한 요괴가 숨어들었다는 소식을 들은 나츠메는 야옹 선생과 함께 마을을 살펴보고 돌아온다. 하지만 그 틈을 타 따라온 수상한 요괴는 나츠메의 집 마당에서 하룻밤 사이에 나무가 되어 열매를 맺고, 자신을 닮은 열매를 먹어버린 야옹 선생은 무려 세 마리로 늘어나버리는데…!?
일본 전역을 뒤덮은 정체불명의 바이러스 ‘ZQN’ 도심 곳곳은 사람을 물어뜯는 감염자들로 인해 대혼란이 이어지고, 우연히 살아남은 ‘히데오’와 몸의 반만 감염된 ‘히로미’는 감염자들을 피해 가까스로 생존자들의 안식처에 다다르게 된다. 하지만, 그 곳에서 예상치 못한 거대한 위협을 만나게 되는데…
