캐피털 가드의 후보생 ‘벨리 제남’은 첫 실습에서 우주 해적의 습격과 마주한다. 해적들을 포획하는 일에 협력하면서도 붙잡힌 소녀 ‘아이다’에게 묘한 느낌을 받는 ‘벨리’. 뿐만 아니라 그녀가 'G-셀프'라 부르는 고성능 모빌 슈트를 자신 역시 기동할 수 있음을 알게 되는데... 우주세기 이후의 시대, 리길드 센추리. 세계를 뒤흔들 진상이 드러나기 시작한다!
거인이 모든 것을 지배하는 세계, 사람들의 평온한 일상은 무너졌다. “한 마리도 남김없이 쓸어버리겠어.” 그 각오와는 정반대로 갑자기 거인으로 변해버린 주인공 엘런. 자신이 누구인지 갈등하던 와중에 엘런은 그 능력을 써서 인류를 구하게 된다. 어떤 이는 그를 ‘구세주’라 칭송하고, 어떤 이는 그를 ‘악마’라 두려워한다. 다음으로 그들 앞에 나타난 것은 다른 거인들과는 명백히 다르게 지성을 가진 여성형 거인. 그녀는 대체 무엇인가... 엘런에게 숨겨진 능력의 비밀은...
옥상에서의 만남부터 ‘경계의 저편’과 벌인 처절한 싸움도 끝나고, 기적적으로 미라이는 돌아왔지만 그녀가 이계사라는 고통스럽고 괴로운 운명뿐 아니라 아키히토와의 소중한 기억까지 잃어버렸다. 새학기를 맞았지만 미라이의 기억은 여전히 돌아오지 않고, 아키히토는 기억을 잃은 그녀를 배려해서 일부러 거리를 둔다. 아키히토의 그런 생각도 모른 채, 본능적으로 그에게 다가가는 미라이. 그런 두 사람 앞에 미라이를 아는 누군가가 나타나면서 아키히토의 작은 희망도 헛되게 그녀는 다시 자기자신과 마주 보게 될 싸움을 맞이하게 된다.
무차별적으로 잡아먹는 식인 거인들이 나타나면서 멸망 위기에 놓인 인간 세계. 인간들은 그들을 피해 50미터의 거대한 벽을 쌓은 채 그 속에서 살아간다. 100년여 동안 평화 아닌 평화를 지켜 가며 숨죽여 살아가지만, 벽 밖의 세계가 궁금한 어린 ‘엘런 예거’는 새장에 갇힌 새처럼 사는 현실이 싫어 가족과 어릴 때부터 자신을 지켜 주었던 ‘미카사 아커만’의 반대 속에서도 그곳을 벗어나겠다는 고집을 꺾지 않는다. 이 때, 초대형 거인과 갑옷 거인이 나타나면서 허울뿐인 평화는 부서지는 벽과 함께 무참히 깨져 버린다. 거인들이 첫 번째 벽, 월 마리아를 부수고 안으로 들어오면서 절규와 죽음이 가득한 지옥 같은 상황이 이어지고, 눈 앞에서 잔혹하게 잡아 먹히는 어머니를 본 ‘엘런 예거’는 그들에게 복수를 다짐한다. 결국 두 번째 벽, 월 로제 안으로 도망친 '엘런 예거' 와 '미카사' 등은 훈련병에 지원하고 혹독한 수련을 거듭하며 거인에게 복수할 수 있는 힘을 키워나간다. 그리고 5년 후, 그들이 훈련병을 졸업하고 한 명의 병사로서 태어나는 바로 그날, 월 마리아를 파괴했던 초대형 거인이 '엘런' 앞에 다시 모습을 드러냈다. 과연 거인들은 어디로부터 오는가? 진짜 전쟁은 지금부터 시작이다!
