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소녀 아스나는 아버지의 유품인 광석 라디오를 통해 우연히 듣게 된 신비한 음악에 매료된다. 다시 그 음악을 듣기 위해 자신만의 비밀장소로 향하던 길에 괴물에게 습격을 받게 되고, 슌이라는 소년이 나타나 아스나를 구해준다. 아가르타라는 곳에서 왔다는 슌에게 두근거리는 감정을 갖게 된 아스나. 이튿날 그를 만나기 위해 약속 장소로 다시 가지만 슌은 나타나지 않는다. 실망감으로 슬퍼하던 아스나는 신임 교사 모리사키로부터 지하 세계의 신화에 대해 듣게 되고 그것이 슌과 관련이 있음을 직감한다. 슌과 꼭 닮은 신과 그를 쫓는 비밀 조직 아크엔젤의 추격전에 휘말리게 된 아스나는 지하세계로 가는 문 앞까지 이끌려오게 되는데...
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중학교 시절의 트라우마로 '평범하게'를 모토로 살아온 소년 이노우에 코노하. 하지만 세이죠 고교의 정원에서 자칭 '문학소녀' 아마노 토오코를 만난 순간부터 코노하는 평범한 일상과 작별을 고하게 된다. 문학과 이야기를 너무나도 사랑한 나머지 이야기를 먹고 그 맛을 음미할 수 있는 특별한 능력을 지니고 있는 소녀 아마노 토오코는 자신의 비밀을 알아버린 코노하를 문예부에 가입시키고 매일매일 짧은 이야기를 쓰게 함으로써 일명 '간식 담당'으로 만들어 버린다. 조용한 문예부 교실에서 원고지를 채워나가는 코노하와 글을 음미하는 토오코. 다른 사람과 깊이 접촉하는 것을 두려워 했던 코노하는 제멋대로인 토오코에게 휘둘리는 사이 조금씩 마음의 안정을 되찾아가지만, 어느날 토오코가 설치한 '연애 상담 우체통' 속에 들어 있던 한 장의 그림으로 인해 평화로웠던 일상은 다시 한 번 붕괴된다. 코노하를 사로잡고 있는 과거란 과연 어떤 것인지...!?
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모든 것이 네트워크로 연결된 미래 도시, 군사독재정권 시아크 공화국의 테러리스트 13인이 자살하는 사건이 벌어진다. ‘공각기동대’로 불리는 공안 9과는 이 연쇄 자살을 ‘전뇌 해킹’을 통한 동일 사건으로 판단하고, 사건의 열쇠를 쥔 해커 ‘꼭두각시 조정자’를 찾아 나선다. 하지만 제1의 용의자로 지목된 시아크 공화국의 독재자 ‘카루마 장군’이 싸늘한 주검으로 발견되고 사건은 점차 미궁 속으로 빠져든다. 그러던 중, 2년 전 행방불명 됐었던 전 멤버 ‘쿠사나기 모토코’가 제2의 용의자로 지목되고, 리더 ‘토구사’의 딸이 납치당하는 등 ‘공각기동대’의 절체절명 위기가 닥쳐오는데…
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어느 날 발신자 불명의 경매행사 초청장이 유코에게 전달되면서 시작된다. 수상한 초청장이지만 뭔가 재미있을 것 같다며 초대에 응한 유코는 와타누키를 데리고 오래된 저택을 찾게 된다. 행사에 초대된 사람들은 7명의 Hard Collectot. 이 열혈 수집가들은 저마다의 컬렉션을 완성하기 위해 저택주인의 초대에 응한 것이었다. 그러나 초대한 장본인은 나타나지 않고, 초대받은 사람들이 하나 둘씩 사라지기 시작하는데...
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정부 직속기관 공안 9과의 형사 버트는 대부분의 신체를 기계화 한 사이보그. 그가 인간이라는 증거는 뇌의 일부분과 3년 전 자신의 파트너였으나 실종된 쿠사나기에 대한 기억 뿐이다. 버트는 최근에 파트너가 된 토그사와 함께 각종 사이버 테러와 통제를 벗어난 로봇에 대한 사건을 수사하고 있다. 어느 날 섹스 전용으로 프로그래밍 된 로봇이 갑자기 이상을 일으키며 인간들을 살해하는 사건이 발생한다. 자살을 선택한 안드로이드, 로봇에 더 가까워진 여성, 스스로 육체를 버리고 네트에 융합해 인간을 초월했다고 자만하는 남자... 이들을 통해 버트는 사건의 진실에 점점 다가간다.