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Asuna é uma menina solitária. Ela tem o hábito de passar seus dias escutando uma música misteriosa em um rádio especial que ganhou de seu pai. Certo dia ela conhece um rapaz chamado Shun, e parte numa viagem de aventuras para entender as belezas e crueldades do mundo.
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A história é sobre a estudante Amano Touko que, de tanto amar a literatura, literalmente come os livros da biblioteca, mas na verdade ela faz isso porque é uma youkai. Um dia, o protagonista Inoue Konoha, que antigamente escrevia livros, acaba descobrindo este segredo. A partir daí, Inoue é forçado a participar do clube de literatura do colégio fazendo companhia à Amano, escrevendo novas histórias para alimentar a sua fome.
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Ano 2034. Faz dois anos que Motoko Kusanagi deixou a Seção 9. Togusa é o novo líder da equipe que tem agora uma abordagem mais pessoal dos casos. A nova e melhorada Seção 9 lida com questões complexas e investiga uma série de eventos interligados que estão sendo manipulados por um ultra-hacker conhecido como Puppeteer (O Mestre dos Bonecos). No filme, a Seção 9 lida com incidentes planejados quase que matematicamente. Mas quem é o Mestre dos Bonecos? E qual a verdadeira intenção dele ao criar essas "coincidências"?
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Yuuko recebe de um desconhecido um convite para um leilão. Da mesma forma, ávidos coleccionadores são convidados para visitarem uma velha mansão onde supostamente decorrerá o leilão, e cujo dono não comparece. Um por um, cada coleccionador desaparece e estranhos acontecimentos ocorrem durante essa mesma noite. O que será que está a ser leiloado? E quem será o dono da mansão? São questões que Yuuko e Watanuki vão tentar resolver.
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No ano 2032, Bato, um ciborgue detetive da unidade antiterrorista da segurança pública Seção 9, investiga o caso de um robô feminino criado exclusivamente para o prazer sexual que matou seu dono.
