공작원 소탕 임무를 받고 알래그란사 섬에 도착한 ‘아무로 레이’. 섬에서 본 건 아이들과 자쿠의 망령이었다. '아무로'는 기습 공격에 맞서던 중 절벽 아래로 떨어지고 ‘쿠쿠르스 도안’과 아이들의 도움을 받아 그들과 함께 생활하며 잃어버린 건담을 찾아 나선다. 한편, ‘아무로’를 구하러 온 화이트 베이스 부대와 ‘도안’의 전 소속 부대인 지온의 서던 크로스 부대가 동시에 나타나 결전을 벌이며 섬의 평화는 깨지고 마는데…
2029년 3월, 전후 최대의 사건으로 불리는 일본 총리 암살사건이 벌어지자, 쿠사나기 소령은 사이보그 대원들로 구성된 정예 부대를 이끌고 수색에 나선다. 대테러의 배후를 파헤치던 쿠사나기 소령은 자신과 똑같은 모습을 한 사이보그를 뒤쫓던 중, 그녀의 출생에 얽힌 충격적인 진실을 마주하게 되는데… 드디어 ‘공각기동대’의 전설적인 서막이 열린다! “자신의 고스트를 따르라!”
