U.C.0097. ‘라플라스의 상자’가 열린 지 1년. 뉴타입의 존재와 그 권리에 언급된 ‘우주세기 헌장’의 존재가 밝혀졌어도 세상의 틀은 크게 변화되지 않았다. 후에 ‘라플라스 사변’이라고 불리는 전란은 네오 지온의 잔당군 ‘소데츠키’가 와해되며 종결된 것으로 보였다. 그 최후의 전투에서 2기의 풀 사이코 프레임 사양의 모빌 수트가 인지를 초월한 힘을 보였다. 하얀 유니콘과 검은 사자. 2기의 위협은 봉인됨으로써 사람들의 의식에서 멀어져 갔고 기억에서 사라질 예정이었다. 하지만 2년 전에 행방불명 된 RX-0 유니콘 건담 3호기가 지구권에 다시 모습을 드러내기 시작했다. 금빛 ’불사조’, 그 이름은 페넥스.
지우와 피카츄 일행은 '무엇이든지 소환할 수 있는 링'을 가진 환상의 포켓몬 후파를 만난다. 그때, 데세르시티에서는 엄청난 포켓몬을 봉인한 '굴레의 항아리'에 사악한 기운이 흐르고...! '굴레의 항아리'를 열고 분노의 힘으로 되살아난 '검은 그림자'! 그 그림자의 정체는 바로 '후파'의 본래 모습, 초후파였다! 초후파는 힘을 되찾기 위해 포켓몬계의 최강 파워를 자랑하는 전설의 포켓몬들을 소환하기 시작하고! 지우와 후파 일행은 위기에 빠진 마을을 지키키 위해 이를 대적할 가공할만한 파워의 다른 전설의 포켓몬을 소환해내는데...!
보석포켓몬 '멜리시'들이 평화롭게 살아가던 '다이아몬드 광산국'에 엄청난 위기가 찾아왔다! 바로 나라를 유지하는 힘인 '신성한 다이아'가그 운명을 다 하려 하고 있는 것! 신성한 다이아를 만슬 수 있는 것은 오직 이 나라의 공주 '디안시'뿐! 디안시는 그 힘을 얻기 위해 생명의 포켓몬 '제르네아스'를 찾아 먼 길을 떠나는데...! 그런데, 그 앞에 나타난 것은 ... 파괴의 포켓몬 '이벨타르?!' 이제 지우와 친구들, 그리고 디안시가 멸망해가는 왕국을 구하기 위한 대모험에 나선다!!
모든 사람들은 하루는 24시간이라고 생각한다. 그러나 현실은 다르다.
세상에는 1일과 1일 사이에 숨겨진 시간 '쉐도 타임'이라는 것이 존재한다.
거리는 모든 움직임을 멈추고 거리의 사람들은 관으로 모습을 바꾼다. 그리고 그런 거리에는 알 수 없는 괴물 통칭 '쉐도우'라고 불리는 것들이 돌아다닌다.
이런 괴물에 대항 가능한 자는 오직 '페르소나'라는 특수한 힘을 가진 자들 뿐이다. 사립 월광관 학원에 전학온 유키 마코토는 자신의 페르소나를 각성하여 같은 페르소나 소유자들과 함께 특별과외활동부에 소속된다.
이들은 각자의 목적을 위해 쉐도 타임의 진상을 쫒고 있는데, 과연 이 곳에서 마코토가 만나게 되는 운명은.....
자유분방한 엄마의 야반도주로 외할머니가 운영하는 온천여관 ‘킷스이소’로 오게 된 16세 소녀 오하나. 자신의 의지와는 상관없는 온천여관에서의 새로운 생활이 오하나의 가슴을 설레게 만들었지만 처음과는 달리 “빛나고 싶어”라고 생각했던 다짐이 킷스이소에서의 생활에 익숙해 가면서 점차 희미해져 가는 것을 느끼게 된다. 게다가 킷스이소로 실습 온 라이벌 여관의 외동딸 ‘유이나’, 언제나 열심인 조리사 견습생 ‘민코’, 동생들과 집안일까지 챙기느라 분주한 종업원 ‘나코’ 등 자신에게 주어진 자리에서 최선을 다하는 사람들의 모습은 ‘오하나’의 마음을 더욱 울적하게 만든다. 그러던 어느 날 ‘유이나’가 엉망으로 만들어 놓은 창고를 정리하던 ‘오하나’는 ‘마메 할배’가 적어놓은 낡은 업무 일지를 보게 되고 거기에서 늘 제멋대로 굴고, 자신은 도저히 이해할 수 없다고 생각했던 엄마 ‘사츠키’에 관한 내용을 읽게 되면서 16세였던 엄마 역시 자신처럼 빛나고 싶어한 적이 있었다는 사실을 알게 되는데…
