2029년 3월, 전후 최대의 사건으로 불리는 일본 총리 암살사건이 벌어지자, 쿠사나기 소령은 사이보그 대원들로 구성된 정예 부대를 이끌고 수색에 나선다. 대테러의 배후를 파헤치던 쿠사나기 소령은 자신과 똑같은 모습을 한 사이보그를 뒤쫓던 중, 그녀의 출생에 얽힌 충격적인 진실을 마주하게 되는데… 드디어 ‘공각기동대’의 전설적인 서막이 열린다! “자신의 고스트를 따르라!”
멀지 않은 미래에 인간이 몸의 각 부분을 인공물로 대체할 수 있게 되고, 심지어 뇌 까지도 대체를 하게 된다. 인간의 영혼이 담겨 있다고 생각하는 ‘뇌’ 까지도 대체를 하게 되면, 과연 ‘인간’ 을 어떻게 정의할 수 있는지에 대한 혼란에 빠지게 된다. 특히, 뇌를 컴퓨터로 대체할 경우, ‘해킹’ 에서 자유로울 수 없기 때문에, ‘조작된 기억’ 과 ‘타인에 의한 조종’ 이 문제될 수 있다.
중앙해를 사이에 두고, 레밤 황국과 아마츠카미 국의 전쟁이 계속되던 어느 날. 일등 비행사 샤를르에게 특급 명령이 떨어진다. 차기 황비인 파나공주를 바다 건너 카를로 황태자가 있는 곳으로 무사히 모셔야하는 임무. 적들이 장악하고 있는 12,000km, 파나 공주와 단둘이 위험한 비행을 시작하는데... 세상에서 가장 아름다운 비행이 펼쳐진다.
모든 것이 네트워크로 연결된 미래 도시, 군사독재정권 시아크 공화국의 테러리스트 13인이 자살하는 사건이 벌어진다. ‘공각기동대’로 불리는 공안 9과는 이 연쇄 자살을 ‘전뇌 해킹’을 통한 동일 사건으로 판단하고, 사건의 열쇠를 쥔 해커 ‘꼭두각시 조정자’를 찾아 나선다. 하지만 제1의 용의자로 지목된 시아크 공화국의 독재자 ‘카루마 장군’이 싸늘한 주검으로 발견되고 사건은 점차 미궁 속으로 빠져든다. 그러던 중, 2년 전 행방불명 됐었던 전 멤버 ‘쿠사나기 모토코’가 제2의 용의자로 지목되고, 리더 ‘토구사’의 딸이 납치당하는 등 ‘공각기동대’의 절체절명 위기가 닥쳐오는데…
