После окончания жестокой Мировой Войны в Японии наука сделала резкий скачок вверх и начала развиваться не по дням, а по часам, давая человечеству выбор продолжать жить и ослаблять страдания с помощью современной кибернетики. Все человечество связано с помощью системы умов и личностей, известных как «Призраки». Самой большой угрозой цивилизации являются кибер-террористы, которые способны украсть человеческие тела и память. Когда вирус под названием FIre-Starter заражает систему и начинает распространяться, происходит убийство премьер-министра Японии, совершенное таинственным киборгом. Майора Мотоко Кусанаги и её элитную команду оперативников специального назначения призывают выследить источник заражения. Копаясь всё глубже и глубже в расследовании, они обнаруживают следы правительственной коррупции и подозрительного брокера, который может иметь к этому отношение.
История о молодом пилоте Чарльзе Карино, наёмнике имперских войск Левамм. Ему приходится отправиться на особо секретное задание, цель которого - сопроводить княжескую невесту Леди Фану де Морал в столицу. На пути во всю идет война за земли, и войскам ополчения Аматсавиан удалось перехватить детали задания, поэтому план придется немного поменять.
2034 г нашей эры. Прошло два года с тех пор как Мотоко Кусанаги, ушла из 9 отдела. Тогуса — теперь новый лидер команды, в которой теперь сильно увеличено количество персонала. Расширенный новый 9 отдел противостоит множеству сложных инцидентов, и исследования показывают, что отличный хакер, названный Кукловодом — виновник всего ряда событий. Ряд интригующих инцидентов, которые лица 9 отдела постепенно соединяют почти мастерски. Кто — Кукловод? Что случится с отношениями Бато с Мотоко? Что в действительности стоит за этим тщательно запланированным прекрасным преступлением? И, каков же будет результат? Тайны окружают Сообщество стабильной государственности…