지구 멸망의 위기에서 발동한 네크로시스 작전의 발안자였던 애드록 서스턴은 작전을 반대하여 구금되어 있다가 탈출, 인간형 코랄리언 유레카와 함께 인류를 구하기 위해 나선다. 작전의 오류를 스스로의 희생으로 막은 애드록 덕분에 인류는 멸망의 위기를 가까스로 넘기지만... 한편, 아버지를 잃은 랜턴은 국경도시 벨 포레스트에서 단조로운 나날을 보내고 있었다. 그러던 어느날, 랜턴 앞에 LFO라는 세계에서 가장 오래된 기체 니르밧슈가 내려오고 그 조종석에서 유레카라고 지칭하는 소녀가 모습을 드러낸다.
곤과 키르아, 크라피카, 레오리오는 배틀 올림픽을 보러 천공 격투장으로 향한다. 그런데 갑자기 괴한들이 침입해 천공 격투장을 점거한다. 그 괴한들의 정체는 수십 년 전 사라진 줄 알았던 '그림자'의 후예들. 그들이 원하는 건 모든 헌터의 죽음과 헌터 협회의 멸망이다. 그림자의 수장은 수십 년 전 네테로에게 죽임을 당했던 온(怨) 능력자 제드. 네테로 회장마저 인질로 잡힌 위급한 상황에서 곤과 키르아, 크라피카만이 그림자와 맞서 싸우게 되는데… 이제야 떠오르는 헌터협회의 어둠의 역사, 그리고 네테로의 숨겨진 과거…헌터 vs 헌터의 사투가 지금 시작된다!
In the remote Southern Cross island, a secret organization named The Glittering Crux plans to reactivate giant mobile suits that have been sealed for ages. Known as cybodies, they can only be controlled by pilots identified as star drivers. To unleash their full power, the mysterious group must break the seals of the four shrine maidens that reside in the isle. Recently arrived outsider Takuto Tsunashi vows to stop the Glittering Crux in order to protect Wako Agemaki, girl who saved his life and is one of the four maidens. Wako is a lively young lady who has already been betrothed to Sugata Shindou, a rich and talented childhood friend. Despite being very close to Agemaki, Sugata quietly disapproves this engagement since it was forced on to them due to a family tradition. The melancholic couple becomes a radiant trio as Takuto becomes not only their friend, but protector of the seals since he is none other than the Galactic Pretty Boy, gifted star driver of Tauburn, the 22nd cybody.
