Nada muito emocionante acontece na vida de Renton até o dia em que um gigante mecha LFO cai sobre ele com uma linda garota dentro, Eureka. No entanto, Eureka e seu mecha roubado estão fugindo dos militares.
Em meio à Batalha Olímpia, torneio que reúne os mestres de andar da Arena Celestial para decidir quem ficará no topo, surge uma nova ameaça. Os descendentes de um grupo que era a face oculta da Associação Hunter tomam a Arena Celestial e exigem a publicação de todas as missões secretas executadas por eles sob ordens da Associação. Seu líder, um velho conhecido do Presidente, quer o fim de todos os Hunters e conta com um poder contrário ao Nen e que se pensava estar extinto, o On.
Na remota ilha de Southern Cross, uma organização secreta chamada The Glittering Crux planeja reativar roupas móveis gigantes que foram lacradas por séculos. Conhecidos como cybodies, eles só podem ser controlados por pilotos identificados como pilotos-estrela. Para liberar todo o seu poder, o misterioso grupo deve quebrar os selos das quatro donzelas do santuário que residem na ilha. O estrangeiro recém-chegado Takuto Tsunashi promete parar o Crux Brilhante, a fim de proteger Wako Agemaki, garota que salvou sua vida e é uma das quatro donzelas. O casal melancólico se torna um trio radiante, pois Takuto se torna não apenas seu amigo, mas protetor dos selos, já que ele não é outro senão o Galactic Pretty Boy, o talentoso motorista estrela de Tauburn, o 22.º cybody.
Takamachi Nanoha era uma garota normal, até o dia em que acaba resgatando um furão que revela ser um mago de outro planeta que veio até o nosso em busca das Jewl Seeds. Nanoha resolve ajudar o mago ferido e se torna uma garota mágica. Durante a missão de reunir as perigosas Seeds, Nanoha se depara com outra garota, Fate Testarossa, que também está reunindo as Seeds por sua mãe. Nesse confronto por diferentes objetivos, conseguirá Nanoha compreender a tristeza que se pode ver nos olhos da Fate? O filme Reconta a primeira temporada inteira da série Nanoha. Muitos consideram o filme superior a série em si.
