지난 2년 간 고담시의 어둠 속에서 범법자들을 응징하며 배트맨으로 살아온 브루스 웨인. 알프레드와 제임스 고든 경위의 도움 아래 그는 도시의 부패한 공직자들과 고위 관료들 사이에서 복수의 화신으로 활약한다. 고담의 시장 선거를 앞두고 고담의 엘리트 집단을 목표로 잔악한 연쇄살인을 저지르는 수수께끼 킬러 리들러가 나타나자, 최고의 탐정 브루스 웨인이 수사에 나서고 남겨진 단서를 풀어가며 캣우먼, 펭귄, 카마인 팔코네, 리들러를 차례대로 만난다. 사이코 범인의 미스터리를 수사하면서 그 모든 증거가 자신을 향한 의도적인 메시지였음을 깨닫고, 리들러에게 농락 당한 배트맨은 광기에 사로잡힌다. 범인의 무자비한 계획을 막고 오랫동안 고담시를 썩게 만든 권력 부패의 고리를 끊어야 하지만, 부모님의 죽음에 얽힌 진실이 밝혀지자 복수와 정의 사이에서 갈등하는데...
최고의 사망률을 자랑하는 벨 리브 교도소. 미국 정보국 월러 국장은 태스크 포스 X라는 극비 군사 작전팀을 꾸리기 위해 이곳에 왔다. 그녀는 수감 중인 슈퍼 빌런들을 팀에 합류시키기 위해 사면이나 감형을 조건으로 제시한다. 또한 만약을 대비해 언제라도 이들을 처형할 수 있게 머리에 폭탄도 심어놓는다. 우여곡절 끝에 완성된 팀은 두개로 나뉘어 남미의 작은 섬나라 코르토 몰티즈로 향한다. 이들의 임무는 이 섬에 위치한 요툰하임이라는 비밀 연구실에 잠입해 스타피쉬의 흔적을 없애는 것. 각기 다른 해안가에 도착한 두 팀은 상반된 상황을 맞이한다.
배트맨 이어 원의 엔딩 부분에서 카르미네 팔코네, 일명 '로마인'은 증거를 없애기 위해서 자신의 조카인 조니 비티를 살해하려고 하다 실패한다. 그러자 로마인은 조니 비티에게 성대한 결혼식을 열어주어서 비티 패밀리와의 관계를 회복하려고 한다. 이 파티에서 팔코네는 브루스 웨인에게 웨인 은행 자신들의 자금을 유치하고 사업을 함께 하라는 압력을 가하지만 브루스 웨인은 거부하고, 하비 덴트는 팔코네 패밀리의 뒷조사를 하다가 마피아들에게 구타를 당한다. 배트맨과 캣우먼은 카르미네 팔코네에게 백만 달러의 현상금이 걸리게 되고, 캣우먼은 공격이 최선의 방어라는 신조 아래 팔코네 패밀리의 자금 정보를 제공한다.
