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전 세계인의 축제 WSG(World Sports Games)의 개최를 앞둔 일본. 이를 기념해 시속 1,000km를 자랑하는 진공 초전도 리니어의 개통이 발표된다. 모두가 이를 주목하는 가운데, WSG의 공식 후원사 대표들이 연쇄 납치를 당하고, 코난은 이 사건이 15년 전 미국 보스턴에서 발생한 WSG 연쇄 납치 사건과 관련이 있다는 것을 밝혀내는데… 이를 지켜보는 아카이 슈이치와 FBI, 그리고 절대로 만나서는 안 될 위험천만한 가족이 모인다.
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코난이 된 고교생 명탐정 신이치. 시리즈 최초의 이야기가 시작된다! 바로 그 날, 코른, 키안티 등 검은 조직의 핵심 멤버가 트로피컬 랜드에 있었던 이유는? 사건 발생 후 APTX-4869의 개발자 쉐리가 신이치의 집에서 마주한 사실은 무엇이며 그동안 밝혀지지 않았던 진실의 조각들이 퍼즐처럼 맞춰지기 시작 하는데…
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경찰에 잠입한 누군가에 의해 유출된 N.O.C리스트. 그리고 전 세계 스파이들이 연이어 제거되는 사건이 발생한다. 한편, 코난과 친구들은 새로 개장한 수족관에서 우연히 의문의 여인과 마주친다. 두 눈의 색이 다른 ‘오드아이’인 그녀는 상처투성이인 온 몸에, 자신의 이름도 기억하지 못하는 상태. 그녀가 잃어버린 기억을 되찾을 수 있게 도와 주던 코난은 심상치 않은 기운을 느끼고, FBI, 경찰, CIA가 모두 그녀를 쫓고 있음을 알게 된다. 여기에 베일에 싸여 있는 검은 조직마저도 정체를 드러내고 그 여인을 쫓는데… 잃어버린 기억 속 숨겨진 비밀을 찾아, 그들이 움직인다!
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뉴욕 최대 미술품 경매장에서 빈센트 반 고흐의 명화 ‘해바라기’가 사상 최고액 3억 달러에 낙찰된다. 그림을 소유하게 된 정지로 회장의 목표는 전 세계에 흩어져 있는 고흐의 ‘해바라기’ 일곱 작품을 모아 최초로 전시하는 것. 난공불락을 자랑하는 레이크 록 미술관에서의 대규모 전시 계획을 발표하는 기자회견이 전 세계에 생중계되는 가운데 갑자기 괴도 키드가 출현! 고흐의 해바라기를 접수하겠다는 예고장을 날리고 바람처럼 사라지는데… 키드는 왜 고흐의 명화를 노리는 걸까? 명탐정 코난 VS 괴도 키드, 두 천재의 불꽃 대결이 시작된다!
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높이 635m를 자랑하는 벨트리 타워의 오프닝 행사. 타워 전망대에서 절경을 즐기던 코난 일행의 눈 앞에 어디선가 날아온 총탄이 한 남자의 가슴을 꿰뚫는다! 코난은 총탄이 날아온 곳에 서있는 검은 그림자를 발견하고, 여고생 탐정 양세라와 함께 저격범을 추격하는데... 수류탄과 기관총으로 중무장한 범인을 쫓던 그들은 위기에 처한 순간 나타난 FBI 수사관 조디 일행의 도움으로 가까스로 위험에서 벗어나지만, 범인은 바다에 뛰어들어 자취를 감추고 만다
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이지스함에 스파이 잠입 ! 란에게 닥치는 마수 ! 매우 위험한 긴급 미션 ! 타겟은 일본 전토 ! 아침 노을의 바다에 떠오르는 , 폭탄을 실은 수수께끼의 수상한 배 . 그 배가 모든 것의 시작이었다 . 교토 마이즈루항 . 해상자위대에 의한 , 귀중한 이지스함의 체험 항해가 개시 되고 있었다 . 전자무장 된 최첨단 함에서 펼쳐지는 박력 만점의 크루즈를 즐기는 코난과 란, 코고로, 그리고 소년 탐정단. 그러나 갑자기 , 굉음이 울려 퍼지고 , 함내에 불쾌한 공기가 감돈다 . 이윽고 얼마 지나지 않아 , 왼쪽 팔이 없는 시체가 발견된다 ! 그것도 , 무려 자위대원의 시체였다 ! 거기에는 몇군데 이상한 점이 남겨져 있었다 . 수사에 나선 코난은 , 함내에 모국의 스파이 " X " 가 탐승한 것을 알게 된다 ....... 이 항해에는 상상을 훨씬 뛰어넘은 , 일본 전토를 뒤흔드는 거대한 음모가 숨겨져 있었다 .
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어느 날 탐정사무소로 걸려온 폭탄 테러 예고 전화. 유명한 탐정을 도발하듯 그의 눈앞에서 자동차가 폭파되고 범인은 수수께끼와도 같은 암호를 남긴다. 절박한 상황에서 홀로 암호를 풀어낸 코난의 활약으로 대형 참사는 겨우 막지만 축구 경기장의 대형 전광판에 숨겨져 있던 폭탄이 결국 폭발하고 범인을 잡는데는 결국 실패하고 만다. 그리고 또 다시 도전장과 같은 수수께끼의 암호가 유명한 탐정에게 배달되는데…도대체 다음 목표는 어디이며 누가 범인인 것인지, 그리고 왜 범인은 유명한 탐정을 노리는 것인가!? 축구계 전체를 둘러싼 음모와 위협 속에서 암호를 해독하고 진실을 밝혀라!
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휴가를 맞아 300년 전 존재했던 해적과 숨겨진 보물의 전설이 전해지는 신해도를 찾은 코난 일행 전설 속 보물을 찾으려는 트레저 헌터(보물 사냥꾼) 중 한 명이 의문의 죽음을 당하면서 수상한 냄새를 느낀 코난 일행의 수사가 시작된다. 한편, 트레저 헌터들 중 국제적 수배를 받고 있는 위험한 인물들이 있다는 사실이 밝혀져 긴장감이 고조되는 가운데 미란과 보라가 사라지는 사건이 발생하는데…!
