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É anunciado o primeiro supercondutor linear a vácuo do mundo com velocidade máxima de 1.000 km/h, que irá ser inaugurado na cerimônia de abertura do torneio WSG (World Sports Games) de Tóquio, que acontece uma vez a cada quatro anos. Enquanto chamam a atenção do mundo, altos executivos de grandes empresas são sequestrados do local da festa onde os patrocinadores do torneio WSG se reúnem. Conan procura uma solução e eventualmente encontra uma relação com os casos de raptos em série da WSG que ocorreu à 15 anos atrás em Boston, EUA.
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Two-hour remake of the original 1st episode, in celebration of the anime celebrating 20 years in broadcast. The special retells what happened on the day Shinichi was transformed into the body of a child. The special includes new scenes that weren't in the original manga or the first anime episode.
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Em uma noite escura, a polícia japonesa é invadida por um espião. Agências de inteligência de diferentes países - como o MI6 da Inglaterra, o BDN da Alemanha e a CIA dos Estados Unidos - bem como os arquivos secretos do FBI serão levados, mas os oficiais de segurança pública liderados por Tooru Amuro chegam bem a tempo. O espião rouba um carro e foge. O espião e Amuro são então presos em um beco sem saída na rodovia, e quando está prestes a causar um acidente com vários carros, o carro do espião é atingido pela bala do rifle do agente do FBI Shuichi Akai e cai da estrada. No dia seguinte, Conan e seus amigos vão a um aquário recém-reformado em Tóquio. Sob a atração principal, uma roda-gigante, Conan encontra uma mulher atraente sozinha e ferida. Seus olhos esquerdo e direito são de cores diferentes.
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Conan tenta encontrar Kaito Kid, que supostamente roubou uma réplica de uma pintura de Van Gogh durante um leilão.
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Um franco-atirador tem como objetivo ou Shuichi Akai e atira Masumi Sera. O pânico nasce nos cidadãos de Tóquio porque ninguém sabe nada sobe o atirador misterioso.. Por que foi Masumi o alvo? Vai Shuichi sobreviver? Vai ser Conan capaz de descobrir o culpado?
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O filme se passa em um navio Aegis de última geração, com a cooperação total do Ministério da Defesa e da Força de Autodefesa Marítima da vida real do Japão. O cadáver de um membro da Força de Autodefesa foi encontrado - sem o braço esquerdo - e um espião se infiltrou na nave Aegis. A heroína Ran é colocada em perigo e Conan é forçado a enfrentar o perigoso Spy "X".
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A agência de detetives de Kogoro recebe um telefonema misterioso. Alguém do outro lado avisa sobre uma bomba e deixa para trás um código, "O Menino de Azul e A Zebra Azul, a chuva de cima". Se Conan conseguir decifrar o enigma, ele poderá parar a bomba. Uma aventura começa para Conan e os Detetives Boys, em uma partida de futebol entre Hideo Akagi do Tokyo Spirits e Ryusuke Higo de Big Osaka.
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A Ilha de Koumi, uma bela ilha no Oceano Pacífico. Na ilha, as pessoas passam uma velha lenda de geração em geração de que existia o Palácio do Fundo do Mar, uma antiga ruína no fundo do mar, onde o tesouro de 2 mulheres piratas, Anne Bonnie e Mary Reed (que realmente existiram 300 anos atrás), foi deixado. Quando Conan e seus amigos visitam a Ilha Koumi durante as férias, eles encontram alguns caçadores de tesouros. Havia algo de suspeito sobre eles.
