인터폴의 최첨단 정보 해양 시설인 퍼시픽 부이. 일본과 유럽의 CCTV 정보를 확인할 수 있을 뿐 아니라, 장기 수배범이나 유괴당한 피해자를 전 세계에서 찾아낼 수 있는 전연령 인식이라는 획기적인 AI 기술을 개발 중이다. 그러던 중 독일에서 검은 조직에 의해 유로폴 직원이 살해되는 사건이 발생하고 뒤를 이어 전연령 인식의 핵심 기술자가 납치된다. 나이와 상관없이 안면 인식이 가능한 기술이 검은 조직의 손에 들어가면 독약 APTX4869 개발 후 사망한 것으로 알려진 코드명 셰리이자 하이바라 아이도 위험하게 되는데...
「낙제 직전」「공부가 싫은」미소녀 다섯 쌍둥이를 아르바이트 가정 교사로서 「졸업」까지 이끈 후타로. 배우에 전념하기 위해 휴학하기로 한 이치카의 공부를 봐주면서 「학교 축제」 준비에 힘쓰는 후타로와, 후회 없는 「학교 축제」를 만들기 위해 평소 이상으로 노력하는 요츠바. 어지러운 날들이 지나고 정신을 차려보니 「학교 축제」 전날. 후타로는 포기하지 않고 힘쓰는 이츠키의 모습에 힘입어, 니노의 각오와 미쿠의 결의, 그리고 이치카·요츠바·이츠키에 대한 마음의 답을 찾는다. 저마다의 생각을 안고 있는 와중, 드디어 시작된 고교 생활 최후의(마지막) 이벤트인 「학교 축제」 첫날. 『학교 축제 첫날 15시에 교실에 와줘』 교실에 모인 다섯 쌍둥이는, 후타로에게 어떠한 마음을 고백 받게 될까?
전 세계인의 축제 WSG(World Sports Games)의 개최를 앞둔 일본. 이를 기념해 시속 1,000km를 자랑하는 진공 초전도 리니어의 개통이 발표된다. 모두가 이를 주목하는 가운데, WSG의 공식 후원사 대표들이 연쇄 납치를 당하고, 코난은 이 사건이 15년 전 미국 보스턴에서 발생한 WSG 연쇄 납치 사건과 관련이 있다는 것을 밝혀내는데… 이를 지켜보는 아카이 슈이치와 FBI, 그리고 절대로 만나서는 안 될 위험천만한 가족이 모인다.
19세기말 해적선과 함께 싱가포르 인근 바다에 가라앉았다고 전해지는 전설의 보물 블루 사파이어 ‘감청의 권’이 모습을 드러내던 날, 마리나 베이 샌즈 호텔에서 살인사건이 발생하고 현장에는 피로 물든 괴도 키드의 예고장만이 남겨져 있다. 하지만 그것은 모두를 뒤흔들 함정! 절체절명에 빠진 괴도 키드는 마법 같은 술수로 여권이 없는 코난을 싱가포르로 데려간다. 마침 싱가포르에서 개최되는 쿄고쿠 마코토의 가라테 대회를 보기 위한 란과 소노코까지 모두가 모이게 되고… 코난 X 괴도 키드 X 쿄고쿠 마코토, 블루 사파이어 ‘감청의 권’ 그리고 가장 소중한 것을 지키기 위한 세 사람의 피할 수 없는 대결이 시작된다!
코난이 된 고교생 명탐정 신이치. 시리즈 최초의 이야기가 시작된다! 바로 그 날, 코른, 키안티 등 검은 조직의 핵심 멤버가 트로피컬 랜드에 있었던 이유는? 사건 발생 후 APTX-4869의 개발자 쉐리가 신이치의 집에서 마주한 사실은 무엇이며 그동안 밝혀지지 않았던 진실의 조각들이 퍼즐처럼 맞춰지기 시작 하는데…
