Many engineers from around the world gather at the Interpol marine facility "Pacific Buoy" on Hachijo-jima, in the sea south of central Tokyo Prefecture coast, to witness the launch of a new system that connects all law enforcement camera systems around the world and enables facial recognition worldwide. Conan, along with his friends Kogoro, Ran, Agasa, Haibara, and the Detective Boys, also heads to the island with an invitation from Sonoko to see the whales. He receives a message from Subaru, who says that a Europol agent has been murdered in Germany by Gin. Perturbed, Conan sneaks onto the police ship led by Kuroda, which is bringing them to the island to protect the completion work, and tours the new facility, just in time for the Black Organization to kidnap a female engineer, seeking a piece of important data in her USB drive. A terrifying howl of screws is heard from the ocean as an unknown person approaches Haibara.
Futaro levou as quíntuplas até o ponto em que elas podem se formar e perseguir seus próprios sonhos. Agora, finalmente, elas chegam ao seu último festival escolar. Tendo decidido fazer desta ocasião uma recordação, Futaro investiga seus sentimentos pelas quíntuplas.
Shibuya, Tóquio, está agitada com a temporada de Halloween. Um casamento está sendo realizado em Shibuya Hikarie, onde a detetive Miwako Sato, do Departamento de Polícia Metropolitana, está vestida com um vestido de noiva. Enquanto Conan e os outros convidados assistem, um agressor aparece de repente e o detetive Wataru Takagi, que estava tentando proteger Sato, fica ferido. Takagi sobreviveu e a situação foi resolvida, mas aos olhos de Sato, a imagem do ceifador que ela viu quando o detetive Matsuda, o homem por quem ela estava apaixonada, foi morto em uma série de atentados há três anos, coincidiu com Do Takagi.
É anunciado o primeiro supercondutor linear a vácuo do mundo com velocidade máxima de 1.000 km/h, que irá ser inaugurado na cerimônia de abertura do torneio WSG (World Sports Games) de Tóquio, que acontece uma vez a cada quatro anos. Enquanto chamam a atenção do mundo, altos executivos de grandes empresas são sequestrados do local da festa onde os patrocinadores do torneio WSG se reúnem. Conan procura uma solução e eventualmente encontra uma relação com os casos de raptos em série da WSG que ocorreu à 15 anos atrás em Boston, EUA.
O detetive Conan viaja até Cingapura para investigar um horrível assassinato ligado a uma lendária pedra conhecida como o "Punho da Safira Azul" e para impedir Kaito Kid de colocar suas mãos na cobiçada joia.
Two-hour remake of the original 1st episode, in celebration of the anime celebrating 20 years in broadcast. The special retells what happened on the day Shinichi was transformed into the body of a child. The special includes new scenes that weren't in the original manga or the first anime episode.
