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그것은, 아직 둘이 고등학생이던 시절의 이야기. 마을에서는 엽기 살인사건이 일어나고, 밤거리는 그 정체불명의 살인마 탓에 밝은 분위기가 전부 사라져있는 상태였다. 1995년 3월 어느 눈 내리던 날, 코쿠토 미키야는 기모노를 입은채 눈을 맞는 기묘한 소녀, 료우기 시키를 만나게 된다.
고등학교 입학식에서 다시 만난 그 둘은 친해지게 되고, 그러면 코쿠토는 료우기 시키 안에 있는 또 다른 시키에 대해 알게 된다.
긍정의 인격인 시키와 부정의 인격인 시키. 자신은 살인자라고 말하는 시키, 계속되어가는 연속 엽기 살인, 살인 현장에 서 있는 료우기 시키. 이 고찰의 결론은 3년 후로 이어진다.
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1998년 8월 여름의 끝자락. 도시에서 고등학생 남짓한 소녀들이 한 고층 빌딩에서 뛰어내리는 자살 사건이 계속 되고 있다. 벌써 사건의 수는 4명, 그러나 자살한 소녀들 간의 연관성은 전혀 없고, 모든 사건의 유일한 공통점은 모두 유서도 없이 뛰었으며, 소녀들이 뛰어내린 건물이 철거 예정인 후죠 빌딩이라는 것 뿐이다. 한편 이 사건에 대해 고쿠토 미키야는 의문을 가지고 후죠 빌딩에 접근하고는 깊은 혼수 상태에 빠지게 된다. 미키야의 혼수 상태는 계속 되고, 자살하는 소녀들도 계속 늘어난다. 여름이 끝나고 가을이 시작되는 9월로 향하게 될 무렵, 료우기 시키는 잃어버린 미키야를 되찾기 위해 밤의 후죠 빌딩으로 향한다.