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인터폴의 최첨단 정보 해양 시설인 퍼시픽 부이. 일본과 유럽의 CCTV 정보를 확인할 수 있을 뿐 아니라, 장기 수배범이나 유괴당한 피해자를 전 세계에서 찾아낼 수 있는 전연령 인식이라는 획기적인 AI 기술을 개발 중이다. 그러던 중 독일에서 검은 조직에 의해 유로폴 직원이 살해되는 사건이 발생하고 뒤를 이어 전연령 인식의 핵심 기술자가 납치된다. 나이와 상관없이 안면 인식이 가능한 기술이 검은 조직의 손에 들어가면 독약 APTX4869 개발 후 사망한 것으로 알려진 코드명 셰리이자 하이바라 아이도 위험하게 되는데...
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극악무도한 폭파범 플라먀에 의해 교묘한 함정에 빠진 아무로 토오루! 모든 것이 베일에 가려진 플라먀, 유일한 단서는 아무로 토오루가 그의 경찰 동기들과 마지막으로 함께 했던 하루. 이와 동시에 결혼식의 신부가 된 경시청의 사토 형사는 불길한 예감을 감출 수 없는데…
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에인즈워스와의 격투로부터 잠깐의 휴식. 미유를 구출한 이리야일행은 평행세계의 에미야 시로로부터 미유의 과거, 이 세계에서 일어난 성배전쟁을 알게 된다. 그것은 미유의 슬픈 운명이며, 미유를 위하여 오빠의 사랑이 목숨을 걸고 걸었던 장렬한 싸움의 이야기였다. 인류의 구제를 위해 미유를 희생하는 에인즈워스. 미유를 위해 세계의 적이 되기로 결정한 시로. 용납할 수 없는 두 정의에 모든 것을 지키겠다고 다짐하는 이리야. "도와줄게. 나는 모두가 살아날 수 있는 길을 찾기로 결심했으니까!" 소중한 사람들과 함께 웃을 수 있는 내일을 만들기 위해서. 마법소녀들의 싸움이 다시 시작된다...!