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보석포켓몬 '멜리시'들이 평화롭게 살아가던 '다이아몬드 광산국'에 엄청난 위기가 찾아왔다! 바로 나라를 유지하는 힘인 '신성한 다이아'가그 운명을 다 하려 하고 있는 것! 신성한 다이아를 만슬 수 있는 것은 오직 이 나라의 공주 '디안시'뿐! 디안시는 그 힘을 얻기 위해 생명의 포켓몬 '제르네아스'를 찾아 먼 길을 떠나는데...! 그런데, 그 앞에 나타난 것은 ... 파괴의 포켓몬 '이벨타르?!' 이제 지우와 친구들, 그리고 디안시가 멸망해가는 왕국을 구하기 위한 대모험에 나선다!!
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모든 사람들은 하루는 24시간이라고 생각한다. 그러나 현실은 다르다.
세상에는 1일과 1일 사이에 숨겨진 시간 '쉐도 타임'이라는 것이 존재한다.
거리는 모든 움직임을 멈추고 거리의 사람들은 관으로 모습을 바꾼다. 그리고 그런 거리에는 알 수 없는 괴물 통칭 '쉐도우'라고 불리는 것들이 돌아다닌다.
이런 괴물에 대항 가능한 자는 오직 '페르소나'라는 특수한 힘을 가진 자들 뿐이다. 사립 월광관 학원에 전학온 유키 마코토는 자신의 페르소나를 각성하여 같은 페르소나 소유자들과 함께 특별과외활동부에 소속된다.
이들은 각자의 목적을 위해 쉐도 타임의 진상을 쫒고 있는데, 과연 이 곳에서 마코토가 만나게 되는 운명은.....
