아사히가오카 분교의 전교생은 단 5명. 학년도 성격도 모두 다르지만, 항상 같은 교실에서 사계절을 함께하며 여유로운 시골 라이프를 즐기고 있다. 어느 날 백화점 이벤트에서 특상에 당첨되어 오키나와 여행권을 받게 된 아사히가오카 분교생들. 여름방학이 끝나기 전, 다 같이 모여 부푼 마음을 안고 오키나와로 떠나는데...
세계가 멸망하는 것을 막을 수 있는 건 '성배'인 사카츠키 미유가 희생하는 것뿐이었다. 미유가 아닌 세계를 살려야 한다고 말하는 줄리안 에인즈워스에게 이리야스필 폰 아인츠베른은 둘 다 구하겠다고 대답한다. 그리고 이리야 일행은 시로와 미유가 자랐던 집에서 생활하게 된다. 시로가 미유와 함께 살았던 이유는 어떤 소원이라도 이루어줄 수 있는 '신의 아이'였던 미유를 키리츠구가 집으로 데리고 왔기 때문이었다. 하지만 여동생 미유를 되찾기 위해 줄리안이 나타나는데.
