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As férias de verão estão chegando ao fim. Suguru ganha uma viagem gratuita para Okinawa, e todos os cinco alunos da escola secundária Asahigaoka estão animados para terminar suas férias se divertindo. Junto com Hikage, Konomi sua professora e a dona da loja de doces, todos vão para Okinawa ter uma divertida viagem de três dias. Chegando lá, Natsumi faz amizade com Aoi, a garota que ajuda no hotel que elas ficam.
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Kiritsugu e o jovem Shirou buscam uma forma de salvar o mundo, mesmo que isso signifique sacrificar alguns poucos pelo bem maior. Durante uma enorme catástrofe que engoliu Fuyuki, os dois encontram o último verdadeiro milagre da humanidade: a Criança de Deus. Dizem que as Crianças de Deus tem o poder de realizar qualquer desejo, mas seus poderes desaparecem com o passar dos anos. Numa guerra contra o tempo, Kiritsugu tenta encontrar a forma de utilizar a Criança, mas acaba tendo que deixar essa tarefa com o seu filho Shirou. Anos depois, os dias de felicidade na vazia Fuyuki chegam ao fim quando um ritual de matança recomeça após a Criança de Deus ser capturada: A Guerra do Cálice Sagrado. Tendo perdido tudo, Shirou está pronto para sacrificar seus ideais e todo mundo para recuperar a ferramenta de desejos onipotente… não, para resgatar a sua amada irmã.
