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10년전 원인 불명의 대화재로 인해 후유키 시는 참상을 겪었다. 그 화재의 원인이 '성배전쟁'이라 불리는 마술사들의 싸움이었다는 사실을 알고 있는 자는 극히 적다. 손에 넣은 자의 소원을 이루어 준다는 성배. 후유키 시의 관리를 맡고 있는 명문 마술사 가문인 토오사카 가의 젊은 당주 토오사카 린은 10년 전의 성배전쟁에서 아버지를 잃고, 다음엔 반드시 이기겠노라 다짐하며 준비를 갖추고 서번트 소환을 실시한다.
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하나구미의 대장인 오오가미 중위가 파리로 유랑을 떠나고, 크리스마스 공연으로 분주한 대제국 극장에 한명의 소녀가 나타난다. 소녀의 이름은 라쳇 알타이르. 하나구미에 새로이 배속된 라쳇은 호시구미의 전 대장으로 언제나 합리성과 개인주의를 따르기 때문에 하나구미의 멤버들과 충돌을 겪는다. 그리고 제도에 나타는 의문의 강마와 싸우는 하나구미 앞에 압도적인 강함으로 강마를 처리하는 정체불명의 인형연기, 야프키엘이었다.
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쥬라이 황가의 계승자라는 직책까지 버리면서 사랑을 위해 하루나를 데리고 지구로 떠나온 요우쇼의 꿈은 그만 지구에 도착하기 일보직전에 하루나가 병사하면서 끝나버린다. 하루나에 대한 사랑의 마음은 여전했지만 언제까지나 죽은 사람만을 생각하며 살수는 없는 법. 결국 요우쇼는 이후 이츠키를 만나, 아치카라는 딸을 낳고, 그 아치카 (텐치의 어머니) 가 노부유키 (텐치의 아버지)를 만나 텐치를 낳게 된다. 그러나 요우쇼가 젊은 시절 하루나를 위해, 하루나가 못다본 지구를 볼 수 있게끔 가는 곳마다 심었던 하루나의 상징 나무 (쥬라이 사람은 자신의 나무를 하나씩 가지고 있음)인 동백나무를 심었던 것이 이 모든 슬픈 사랑 이야기의 시발점이 되어버리는데...
