악의 집단 돼지발굽은 전대미문의 최강의 바이러스를 퍼뜨려 전세계의 컴퓨터를 지배하여 세계정복을 꾀한다. 이에 그 음모를 막기 위해 세계평화를 지키려는 비밀조직 SML은 코드명 "섹시걸"을 보내 바이러스 디스크를 빼 오게 한다. 섹시걸은 디스크를 훔쳐 하늘위를 날으는 돼지발굽에 대해서 탈출하지만, 바다에 떨어져 마침 바다에서 식사를 하고 있던 짱구네 유치원 식구들과 만나게 된다.
고교생 명탐정 신이치에게 보낸 유명 건축가인 모리야 교수의 파티 초대장을 받은 코난은 어린아이의 몸이라 혼자 갈 수가 없어 일행과 함께 파티에 다녀온다. 하지만 파티에서 돌아오자마자 뉴스에서 모리야 교수의 집이 불타는 장면을 목격하게 되고, 방화 범인으로부터 전화 한 통을 받는다. 자신과 정식으로 승부를 겨루자며 도쿄 곳곳에 설치한 폭탄을 찾아내보라는 것이었다.
