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It all begins when a secret agent hiding in the ship where dinner Futaba school students. The Pig Hoof follow and take the boat with her, Shin Chan and his friends on board. From there, Shin Chan, Masao, Nene, Kazama and Boo Chan van with Agent everywhere as their hostages.
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Alguns dias após comemorar seu aniversário em uma festa oferecida pelo professor Teiji Moriya, Conan recebe um telefonema anônimo e é desafiado a encontrar diversas bombas espalhadas em Tóquio. Em sua frenética busca, ele descobre que o terrorista lunático é, na verdade, o professor. Teiji Moriya foi um famoso arquiteto, mas que decidiu destruir suas próprias criações porque não consegue aceitar defeitos em sua obra. Sem saber de nada, Ran, uma amiga que tinha convidado Conan para sair, aguarda por ele no cinema quando uma explosão a aprisiona dentro do prédio. Além do caminho até Ran estar bloqueado, há outra bomba prestes a explodir fora do alcance de Conan. A única esperança é que ele consiga orientar a garota para desativar o artefato. O último fio a ser cortado será decidido por ela: vermelho ou azul? Segundo seu horóscopo, azul é cor do dia, mas vermelho sempre lhe trouxe sorte… E agora, será que Ran fará a escolha certa?
