Ryo mostra a história do filho de um samurai que perdeu seus pais durante o ataque de navios Ingleses a uma cidade japonesa. Posteriormente, no local onde estava sendo treinado, esse garoto recebe o nome de “Ryo” e se torna o guarda-costas de Ryoma Sakamoto, um homem que tem seu próprio plano para lutar pelo país.
Num futuro distante, os seres humanos são atacados pela floresta devido ao fracasso da manipulação genética da mesma. Mas mesmo com as adversidades proporcionadas pelo ambiente em que vivem, Agito e outras pessoas conseguem viver felizes em tal cenário. Certo dia, Agito encontra Tula, uma jovem do passado que estava em hibernação suspensa. Ela tem o conhecimento necessário para fazer o mundo retornar ao que era antes, mas será isso uma coisa realmente boa?
